在党的十七大报告的第八部分“加快推进以改善民生为重点的社会建设”中，用了整整一节来谈“建立基本医疗卫生制度，提高全民健康水平”的问题。报告强调：“健康是人全面发展的基础，关系千家万户幸福”，并且明确地提出要“建设覆盖城乡居民的公共卫生服务体系、医疗服务体系、医疗保障体系、药品供应保障体系”。当前，我国医疗资源公平配置中存在的主要问题有：
一是城乡之间医疗卫生资源配置不合理。第六次人口普查结果显示，我国50.32%的人口居住在农村，但80%的医疗资源却集中在城市，极易形成不平衡。2011年，全国乡镇卫生院诊疗人次为8.66亿人次，入院人数3449万人，分别占全国的13.8%和22.5%，虽然服务人数由于新型农村合作医疗推广有所增加，但5.6日的平均住院日和58.1%的病床使用率均大幅低于全国平均水平。而与处于高端的城市医院数量在不断扩张不同，由于受城镇化影响，部分乡镇并入城市，乡镇卫生院相应转为社区卫生服务机构，乡镇卫生院却在减少。2009年底，全国2003个县（县级市）共设有县级医院9238所、县级妇幼保健机构1987所、县级疾病预防控制中心2243所、县级卫生监督所1821所，2011年底，分别为10337所、1994所、2212所、1957所，基本持平，而乡镇卫生院却从38475个下降到37295个。
二是不同类型的社会群体之间的医疗卫生资源配置不合理。1998年前，只有拥有国家机关、企事业单位正式编制的人，才能享有公费医疗的权利，其他人都是自费医疗。现行的医保方案虽然是全民医保，但仍然存在着巨大的差异和不公，只有公务员才由财政兜底，平均可以报销医疗费用的90%以上；而城镇职工这一比例是70%～80%，城镇居民（俗称一老一小，指没有工作单位的城镇居民）只有50%左右，到了农村则只有30%，甚至更低。尽管目前我国已建立了城镇职工医疗保障体系，但覆盖面太小。国有企业职工基本参加了医疗保险，但私营企业、外资企业中的职工，特别是进城务工的农民大多没有参加。城市下岗职工、失业人员、低保人员没有医疗保障。从2003年起，全国开展了农村新型合作医疗试点，目前已覆盖约1亿多人，但筹资力度小，一般每人每年仅30元，保障力度不大。据2003年第三次国家卫生服务调查结果显示，目前有44.8%的城镇人口和79.1%的农村人口没有任何医疗保障，基本上看病靠自费，一些城市和农村居民因病致贫、因病返贫的现象时有发生。
三是政府和个人在医疗支出上的分担和分割不尽合理。国务院新闻办公室发布的《中国的医疗卫生事业》白皮书（2012年12月）显示，2011年，我国卫生总费用达24345.91亿元人民币，同期人均卫生总费用为1806.95元人民币，卫生总费用占国内生产总值的比重为5.1%。按可比价格计算，1978—2011年，我国卫生总费用年平均增长速度为11.32%。个人现金卫生支出由2002年的57.7%下降到2011年的34.8%。目前，尽管我国卫生总费用水涨船高，但是各级政府在其中承担的比例仍然有待提高，居民个人承担的医疗开支大部分，负担仍然很重。
四是不同等级医院之间医疗卫生资源配置的不合理。与医疗资源过于向大中城市集中一样，本来就不多的医疗资源由于过分向优质甲等医院集中，事实上造成了医疗资源配置的过分倾斜，在客观上助长了看病喜欢往大城市、大医院扎堆的社会现象，广大群众得到优质医疗服务的机会更加渺茫。在北京协和医院、北医三院、北京儿童医院、积水潭医院等周边，都形成了规模不一的“看病村”。在这里，常年聚居着外地来京看病的家庭。不仅附近的招待所和宾馆里都挤满了等待看病的人们，甚至连社区的民居和地下室也出租一空。与这些三级医院里“一号难求”、“一号千金”相比，基层卫生资源则严重不足。方便且成本低廉的社区卫生服务机构很少有患者问津，还没有形成分级医疗、双向转诊的机制和“大病”进医院、“小病”在社区的格局。
五是医院运行过分倚重于药费和检查费用，造成有限医疗资源的新的浪费。由于公共医疗的投入不足，所以各级医院只能把创收的主要途径归于开药和检查。这就是为什么看病越来越贵的重要原因，因为各级医院和各科医生都有强烈的创收冲动。据世界银行一份报告显示，2003年，我国药品费用占全部卫生支出的52%，这一比例在大多数国家仅有15%～40%。之所以有这么高的比例，最重要的原因就是医生争相开大处方，争相使用进口药、新药，因为这样的药品价格高。而不会选择最有效、最经济实用的药品，药厂也不愿意生产价格低廉、利润微薄的常见药，所以导致我国卫生费用的12%～37%都被浪费掉了。重复用药、没有必要地使用高价药等现象纷纷出现。喜欢引进先进机器设备、不断提高检查费用也是医院创收的一条重要途径。《2012年中国卫生统计提要》显示，2011年公立医院门诊病人次均医药费用为180.2元，其中药费为92.8元，检查治疗费为53.5元，占医药费用的比例分别为51.5%和29.7%。从2007年至2011年间，次均医药费用、药费和检查治疗费均出现上涨。在住院费方面，2011年公立医院住院病人人均医药费用为6909.9元，其中药费2903.7元，检查治疗费用1841.7元，药费所占比重连续两年下降，检查治疗费用占比则连续3年上升。这一方面加大了患者看病的成本，另一方面也降低了医生的看病水平，不少医生离开各种机器设备就不会看病了。
与其他国家不同的是，我国的经济发展水平决定了目前我国公民能够享受到的医疗服务水平总体上还是比较有限的，而我们的人口又是世界最多的，随着社会的发展和生活水平的提高，人民群众对于健康的重视程度和需求也在不断提升。这就决定了在现阶段乃至整个社会主义初级阶段，我国的医疗卫生服务应该走低水平、广覆盖的路子，应该把主要的医疗资源用来为广大人民群众提供基本医疗卫生服务。而当前我国医疗资源配置的不均衡使得有限的资源过于集中在大中城市和优质医院，医疗卫生体系呈现倒金字塔形，高新技术、优秀卫生人才基本上都集中在城市的大医院，农村和城市社区缺医少药的局面没有得到根本扭转。以北京市为例，2010年，每千人口拥有床位5.29张、9.75名卫生技术人员、3.79位执业医师、3.84位注册护士。除注册护士外，全部超过了发达国家和地区的水平。看起来医疗资源还很不错，但是由于分布的不均衡，即使对于京城的百姓来说，“看病难”、“看病贵”的现象也依然存在。由于大家都扎堆到大医院，对于大医院过度迷信，一方面，使得大量中小医院“吃不饱”，造成大量的医疗资源的浪费；另一方面，由于人才在大城市和大医院过度集中，反而阻碍了其作用的充分发挥，而面对过多的患者，大医院把主要精力用来处理常见病和多发病，对于危重和疑难病人的收治、对于专科专业技术的钻研都相对不足，这些都造成了很大的医疗资源浪费。