1951年底到1957年陈伯钧在南京军事学院度过了人生中少有的充实而愉快的岁月。1957年9月，陈担任在北京新建的高等军事学院副院长。如果没有反教条主义一事，已经在南京军事学院担任代理院长的他很可能直接担任院长。刘伯承担任高院的院长兼政委，由于身体和心境上的不适，他只对学院进行方针性的指导，不太过问具体工作。从朝鲜回国的李志民被任命为副政委，从他后来在反教条主义运动中的表现看，他的到来很可能更多地体现了彭德怀的预见和意志。
北京高等军事学院一开办就被反教条主义的紧箍咒牢牢困住，直到58年军委扩大会议达到高潮。前文已经提到，不再详述。如果说刘伯承位高年迈体弱，在上台检讨表态后，也就将就过关的话，那么对陈伯钧这位曾主持军事学院日常工作，脾气又刚烈倔强的上将来说，炼狱里走一趟是必然的。他的夫人曾问他：“你要扛起来吗？”他回答：“我不扛，谁能来扛？”钟期光上将的回忆录中写道：“‘反教条主义’以后，代理院长陈伯钧同志被调离军事学院，降任高等军事学院副院长，并且继续挨不完的批判，作不完的检讨，身心受到严重打击，影响了他军事教育才能的充分发挥”。在我看来，陈伯钧对这场由他追随终生的领袖毛泽东定调的批判从未心服口服，胸中的剧痛致死不能平复。但他对事业的热情，对党和领袖的忠诚，始终如一。在高等军事学院，他为军事教学、研究和我军历史的整理探讨做出了巨大的贡献。他主持了学习毛泽东军事著作和保卫祖国战略方针问题的大型讨论，写下了详细的长篇总结，上报给毛泽东，并由此出版了《学习毛泽东同志的军事思想》一书，这是深入分析毛泽东军事思想的最早著作之一，陈伯钧主张：“毛主席的军事思想，概括起来说，包括以下三个部分：即军事辩证法（方法论）、人民军队的建军原则和人民军队的作战原则。”顺便提一下，红军刚刚到达延安时，林彪、罗荣桓、罗瑞卿、陈赓这些元帅大将，及当时在延安的大部分上将中将少将，都被招到红大（后抗大）学习，而陈伯钧却不曾入学，是少有的例外。他被免去359旅长一职不久，被安排到抗大担任训练部长，并主讲《中国革命战争的战略问题》——这门课之前是由毛泽东亲自执教。毛泽东从秋收起义开始的军事生涯，他的军事思想和战略战术形成和发展，陈伯钧是见证者，实践者。毛泽东的军事主张曾被承认、被拥护、被推广，也曾被排斥、被嘲讽、被打击，陈伯钧的命运曾因之而起伏跌宕。
陈伯钧虽因教条主义罪名而饱受折磨，但最终却成为唯一没有调动工作岗位的被点名批判的上将，主要原因就在这里吧。在受批判的将军中，陈的认错态度肯定是“较差”的，“心怀不满，抵触严重”，这是当时的组织结论。
陈伯钧还响应叶帅的“挖矿”号召，多次在军事学院讲军史。他讲课的记录稿已经成为党史军史研究领域多年来被广泛引用参考的的重要文献，其内容既有宏大的全景刻画，又充满了源自亲身经历、观察的生动描绘和长期思考所得的分析和探索，精彩抓人。忽视我军的传统、经验，曾是反教条主义运动中刘伯承、陈伯钧等人的罪名，无论是对毛泽东军事思想的钻研，还是的我军历史的研究，我军经验教训总结，对陈伯钧大肆讨伐的人里，有几人能与他相比？
六十年代，毛泽东提倡高级干部阅读马列原著，高等军事学院接受军委命令，大力支持罗瑞卿大将，配备最好的教学力量，成立了“三十本书教学组”。陈伯钧对此付出了大量的心血。不过，在之后的文革中，这成了罗大将被批的一条罪名，陈伯钧恐怕也受到了牵连。林彪主持军委工作后，日益片面强调突出政治，对毛泽东思想的畸形鼓吹不断加温。同时整个中国社会也日益受到极左路线的支配。陈伯钧在高等军事学院公开表态，毛泽东思想还要发展，反对顶峰论。将近三十年前，毛泽东在延安曾批评陈伯钧，“统一战线中太清高”。漫长的岁月，多变的风云，将军发已白，身已衰，清高，似未曾减。
在南京军事学院，陈伯钧与刘伯承、钟期光共事，合作愉快，结下深厚情谊。而在北京高等军事学院，第一任院长兼政委刘伯承很快离任，由叶帅接任。叶帅任职多，副院长陈伯钧主要与副政委李志民共事。李志民在抗大是陈的下级，在反教条主义运动中，主持对陈伯钧、宋时轮的批判，毫不含糊，定的调子比军委扩大会议还高。这样的背景下，加之两人理念上的分歧，时隐时现的军内山头派系的影响，难以指望两人间能有相互的理解和配合。直到陈因病离职，他们的矛盾也没能化解。总政的罗帅曾调来王宗槐任政治部主任，力图增强团结，也没有明显效果。王宗槐出自陈伯钧任师长的红三军第七师，我想，罗帅的本意多少是想对陈伯钧有所支持。
1964年，陈伯钧病重，多次住院，曾十三天内三次内脏大手术。与此同时，林彪派出的院校整风小组来到了高等军事学院，没有放过生命垂危的陈伯钧，对他进行了背靠背的批斗和监视、监听。“三十本书”的教学被批，大批人员受牵连。从此学院再没有招收过学员。
1965年，学校全体人员被派到农村参加四清。陈伯钧病重，经军委批准，离职养病。高等军事学院成了陈伯钧的伤心地，他不愿再住在学校，向军委申请搬了出来。叶群听说后传话：“林总讲，陈院长是他老战友，有困难尽管找他。”见风使舵，违心攀附权贵，一向为陈伯钧所不耻。井冈山上他与林彪初识，一个是二十岁的林连长，一个是十七岁的陈连长。在抗大，陈与林短暂地共事，第一次有了正式的上下级关系，并不融洽（见前文）。解放战争，陈伯钧成为林彪的部将。林彪指挥百万大军，从东三省打到海南岛，一时威风无二；陈伯钧虽然直接领兵机会有限，但衡宝战役、湖南剿匪，他抓住了仅有的全部机会，不辱使命，不负红军干才之名。但林在解放后的政治风波中，尤其是反教条主义运动和院校整风运动中的手段和心机，让他无法同林走近。陈曾任军长的四十五军，即东野八纵，在文革期间出了多位中央委员，黄永胜、邱会作、温玉成、谢家祥、韦祖珍……资格最老党龄军龄最长的陈伯钧却不在其中。
陈的这种态度让他成了文革中最先被打倒的将军。当时他已离职一年，在外地养病。1966年9月18日，林彪表示，陈伯钧是“反对毛泽东和毛泽东思想的坏人”。陈伯钧被高院造反派从外地揪回批斗，多次被抄家，保密柜被抢。在南京军事学院和高等军事学院同陈伯钧长期共事，与陈有过不和的刘忠中将，在文革中成了高院的革委会主任，终于等到了报复的机会。陈伯钧就像当年在湘江边上一样，又一次面临生死存亡的考验。下一步，将会有什么命运降到自己头上呢？他会同贺龙、罗瑞卿、许光达、孙志远，这些曾生死与共的多年好友一样的下场吗？
陈伯钧从33年开始，坚持写了三十多年日记。此时，他狠下心，烧掉了解放后的大部分日记。他在延安时因反对毛泽东江青结合写给毛泽东的信，被毛很不客气地批了几句反驳之语，退了回来，也被他珍重地保存着。此时，江青已是炙手可热、睚眦必报的政治狂人，这封可能招来杀身之祸的信，也只能付之一炬。火光中，17年前的往事浮上心头。那是解放前昔，在他的家乡达县，地下党得到消息，国民党将要搜查陈家。为此，陈伯钧的侄子和地下党朋友一起，仔细清理陈家的书籍、信件等等。所有包含进步思想的书籍，陈伯钧寄来的封封家书，毛泽东为陈母所书的条幅，全部烧了，整整烧了三天。
10月20日，叶帅接见陈伯钧，表示：“你是有功劳的，军委了解你，中央也了解你。”并安排陈伯钧住进301医院。这与林彪对他的“坏人”定性，只隔一个月。这里有叶帅的情谊，也应该有毛周等党中央和军委最高领导人对他的顾念。
但直到1967年春天，陈伯钧还是不断被揪回高院接受审讯和批斗。5月1日，陈伯钧上天安门观礼，最后一次见到毛泽东。毛问他：“伯钧呀，听说你病了？”陈伯钧回答是的，并感谢主席的关心。上天安门的待遇和毛泽东的关心应该多少使陈的处境有所改善，但为了捍卫自己的尊严，反驳高院组织群众给他贴的大字报，这一年由他口述，他夫人执笔，写下了四十万字的材料。
1968年10月，党的八届十二中全会召开前的一次接见造反派组织代表的会议上，毛泽东问一位代表是哪里人，对方回答：“四川达县”。“哦，那是伯钧同志的老乡啊？”那位代表没有听清，问“是哪位同志？”在场的周恩来总理立刻解释：“主席讲的陈伯钧同志，是一位井冈山时期的老同志，高等军事学院院长。”这段对话让陈伯钧终于从形形色色的文斗和武斗中解脱，安心地靠边站。
1969年10月20日，随着一道疏散令从天而降，陈伯钧和朱德、董必武等党和国家领导人及周士第、李涛等老战友，来到广东从化。这里信息闭塞，医疗条件有限，他的好友、红军时期的搭档李涛上将，由于误诊和耽搁，不幸去世。陈伯钧痛哭不已，赋诗哀叹：难道我们真都要客死岭南了吗？
林彪叛逃后，陈伯钧在广州听周恩来传达了有关情况。以下春雨一诗，是他当时的感受。
清明时节后，
春雨渐渐临。
山摇地又动，
环宇处处惊。
万物自苏醒，
天地为之庆。
嫩芽破坚土，
老根岩隙伸。
“群雄”争消长，
人民起义兵，
谁说道不变，
沧桑是正经。
经周总理的安排，陈伯钧于1972年四月回到北京。
1974年2月6日，陈伯钧去世。副总参谋长、他在385旅任副旅长时的部下张才千致悼词，刚刚复出的邓小平参加了追悼会。
陈伯钧去世时，无论是“反对毛泽东和毛泽东思想的坏人”的头衔，还是反教条主义中的那些罪名，再到类似“名片事件”的种种传闻，都没能平反，或难以澄清。他的遗憾、不甘心，即使时空相隔，我们只要阅读他的文选，日记，了解他的生平，都可以痛切地体会。但“谁说道不变，沧桑是正经”，陈伯钧是彻底的唯物主义者，他对历史终究有着信心，对自己的盖棺论定，终究有信心。