彭德怀的乌石之行被说成“别有用心、满腹牢骚”；他与社员的谈话被说成是“笼络人心、争取同情、散布毒素、混淆视听”的“反党言论”。与调查者的愿望相反，从专案组留下的近千页材料和“取证”中，再现了彭德怀当年和群众在一起的许多生动对话和场面，反映了他实事求是的精神和对民生疾苦的关怀，也使读者能获知彭德怀乌石之行的真实情景。在专案组写给中共中央的报告中，收录了湘潭上马公社青光大队一个名叫彭志坚的人写的一首词：
“漫提援朝抗美，徒有盖世功勋，义不封侯反左倾，叹将军老矣，茫茫四海，几个同情。”
短短诗句，表达了一个普通人对彭大将军命运的深沉感喟和同情。
十中全会后，彭德怀不再收到中央发来的文件、通知。吴家花园门口的岗哨突然加严，荷枪实弹，高度戒备。1964年10月哨兵记事本上写着三条任务：“保证安全，不让反革命分子杀掉(彭德怀)，不让他跑掉；彭德怀出去要跟紧，不让他接见外人，在国内有重大变化时，特别要注意他的动态；了解他经常接触的人员，谈了些什么，及时记录下来。”哨兵还被告知：“我们对他不能热爱，在思想、表情上不能表露出来，要注意他的思想变化情况，多观察他的表现。”
彭德怀从中共十中全会决议知道，他从严检查同时申诉冤情的那封长信又沦入“翻案书”的命运，他意识到自己实际已沦为吴家花园的政治犯。
他对吴家花园内的气氛变化视若无睹，仍然是每天早上拿起他专用的小镐、小锹、水桶在院子里翻土、播种、锄草、浇水。但看起来，他显得苍老了，染成青色的旧军装也打上了补丁。
到了年底，他又给毛泽东并中共中央写了一封信，对加诸他头上的所谓篡军问题、所谓篡改军史问题、关于领袖人物的评价问题、所谓企图以后勤部作为篡军基点的问题、不同意军事博物馆塑毛泽东像问题、所谓怀疑高岗是否自杀问题、所谓收买人心问题等，一一做了说明。
彭德怀在信中说明，所谓篡改军史问题是：1959年2月22日军事科学院的一次座谈会，原准备请叶剑英元帅去讲话，因叶剑英感冒，临时请彭德怀参加。他认为军史是一个很复杂的问题，没有充分准备是不能讲的。因军科院领导人再三要求，他便临时准备，谈了几点看法，申明是个人漫谈。其中提到南昌起义时，在强调了它的作用后，谈到南昌起义没有解决中国革命军事斗争的总路线问题和战略方针问题，说朱德同志率领的起义部队如被敌人消灭，南昌起义也会成为无产阶级民主革命的伟大纪念日，但能否成为建军节就值得考虑了。在这次讲话中，他曾说平江起义是革命来潮的信号。以后在庐山会议批彭时，有人就说这两处提法是“篡改军史”，是“篡军”的大阴谋。
关于领袖人物的评价问题，彭德怀在军事科学院的座谈会谈到领袖人物的作用时说过：“毛泽东同志是个人，他在历史上有一定的作用，在关键问题上起决定作用，但对整个历史不起决定作用。”彭德怀认为：“人类整个历史是劳动人民创造的，任何个人对人类整个历史是不能起决定作用的，但英雄人物在历史关键问题上是起决定作用的。”庐山会议上，有人提出这个说法是“贬低毛主席的历史意义”。1962年中共八届十中全会前夕成立的彭德怀专案审查委员会将此作为对他进行审查的问题之一。