毛泽东、刘少奇、周恩来均未出席军委扩大会议，只是刘少奇、周恩来到会讲了话。
林彪是刚被指定的军委日常工作的主持人和新的国防部长，是这次军委扩大会议的主持者。他浓眉倒挂，脸色阴沉地坐在主席台上。新“出山”的林彪虽然竭力想显示出一个成熟领导人的公正与矜持，但他还是一次又一次用挑动性的插话把会场上的斗争引向白热化。
9月3日上午和下午，是集中追查彭德怀的所谓“军事俱乐部”的问题。这本来是一个并不存在的问题，但因为它是毛泽东在庐山会议上最先提出来的，彭德怀就不能不严肃、耐心对待。包括对一些人提出来的十分幼稚可笑的问题，他都要一一认真作答。
会议开始刚提出这个问题的时候，彭德怀解释说：“这是毛主席8月2日在给张闻天同志的信上首先提出来的，说‘怎么搞的，你跑到军事俱乐部去了’，并没有具体指出还有什么人。其实，‘军事俱乐部’组织是没有的，只是我们几个对问题的认识上观点比较一致，事先并没有什么策划。”
彭德怀讲的是真话，并没有半点隐瞒。但是有的人从“想当然”出发，一定要让他交代所谓“军事俱乐部”的组织、纲领、目的、名单等等。在人们的轮番追逼之下，彭德怀气愤地说：“如果有这个俱乐部，那就是以彭德怀为首的反党集团的四个人，其他再没有了。”
于是，全场起哄，群起围攻，出现了下面这样的紧张对话：
“你说只有四个人，以后再查出来怎么办?”
“查出来以国法、军法论处，可以审判!”
“你敢说真的没有了?”
“没有了，”彭德怀毫不示弱地说，“因为他们谁也不愿意来报名嘛!”
后面这句话又惹得全场大哗，人们批评他“不严肃”、“不老实”。
当一阵狂风暴雨般的批判过去之后，彭德怀仍用缓和的口气解释说：“如果要交代组织，就是那么几个人嘛!不实事求是，多讲一些有什么好处?!”
对于所谓“军事俱乐部”问题的追查、批判，在会上曾多次“顶牛”，毫无进展。事后又经过审查彭德怀问题的专案组反复调查，始终也没有发现有这样一个组织，这件事就这样不了了之。
除“军事俱乐部”外，军委扩大会议上追查的另一重要问题是所谓彭德怀“里通外国”的问题。这个问题在庐山会议上只是个别人拐弯抹角地暗示过：“彭德怀同志前不久访问了东欧各国，上山后急于发难，是不是有什么背景?”在常委会上毛泽东也说过彭德怀这次出国访问“是否取了点经?”但并没有人正式提出来。
在军委扩大会议开始阶段也没有人提到这个问题，到9月1日的一次大会上，才有人把“里通外国”作为彭德怀的一大“罪状”突然提了出来，又一次在会上掀起了巨大波澜。
对于幼年时代就具有强烈的爱国主义思想，并曾立志“灭洋人”的彭德怀来说，“里通外国”的罪名不仅是南辕北辙“对不上号”，而且也是对一个忠贞爱国者的极大侮辱。
彭德怀深知这个问题的政治分量，他不能不严肃对待。他要求批判者拿出证据来。对于一些极不严肃和极不负责任的所谓“揭发”，他坚决予以反驳。