印度是与中国首倡“和平共处五项原则”的国家，但它在上世纪50年代都或明或暗地策划西藏独立。1959年西藏发生叛乱事件前后，印度的国会、政府和报纸更是以极端言词大肆反华，并鼓吹西藏是一个“国家”或者“自治国家”，印度和西藏的关系是“母子关系”，要求把西藏问题提交联合国讨论。
周恩来在西藏归属这个原则问题上的立场是强硬的。1956年l2月，他在访问印度时，就坦率地向印度总理尼赫鲁指出：印度政府下面一些官员在处理宗教问题与政治问题上不注意，把印度与西藏称为两个国家，这有损中印关系。尼赫鲁表示印度政府一向尊重中国对西藏的主权，那些说印度和西藏是两个国家的人无知，不懂得政治，但尼赫鲁一直对中国军队进驻西藏耿耿于怀。
在这次访问中，周恩来曾两次会见在印度参加释迦牟尼涅槃2500周年纪念活动的达赖和班禅，对他们重申西藏改革一定根据他们的意愿进行，他们不同意，不改革，可以肯定在第二个五年计划内不谈改革。但同时警告他们说，现在拉萨有些人想搞乱子，想搞“独立”，这是叛国的行为，我们一定不允许。如发生叛乱，人民解放军一定要将其镇压下去。至于少数印度人挑拨中印关系和汉藏关系，我们可以不加理睬。他们挑拨，错误在他们；我们是怀着好意的，我们就主动。
为阻止达赖参加佛事活动后滞留印度、周恩来还宴请了达赖的母亲、姊、弟、经师等人，并同达赖主要随从人员进行了交谈。周恩来对他们说：现在拉萨有一部分人想搞叛乱，你们也知道了，这是不能允许的。现在有人想把达赖留在印度，并搞西藏独立，这是行不通的。达赖可以留在印度，西藏不能搬到印度。西藏的面积将近印度面积的五分之一，把达赖留在印度的想法是害达赖，也害印度。达赖留在印度就成了难民，各方面都要印度负责。这个责任，印度是不好负的，会有损它的国际声誉。
1957年春天达赖还是回去了，但随后的西藏形势就日趋紧张，直至1959年3月西藏叛乱达到高潮。西藏驻军用两天时间平息了事态。
西藏叛乱事件后的1959年5月2日，周恩来接见奥地利《人民之声报》驻京记者佛莱，就印度方面对西藏历史的歪曲进行辩解和纠正。
周恩来指出：现在有人说，印度和西藏是母子关系，这是不能令人容忍的。就民族关系而言，印度人是雅利安种，而西藏人是黄种，他们和中国的汉族、满族、蒙古族同属于黄种人；从宗教关系上说，释迦牟尼出生在尼泊尔而不是印度，佛教在印度很衰弱，兴盛的是印度教，如果以佛教徒的人数讲，中国的佛教徒比印度的佛教徒要多得多；从政治关系而言，这种说法更不符合历史。因为西藏从元朝开始就成为中国领土的一部分了，因此连英国殖民主义者也不敢说西藏是印度的一部分，而印度政府在1954年的协定中已承认西藏是中国的一部分。他强调印度方面“不要放出冷战的语言来激怒中国人民”。1959年5月12日，针对印度把西藏说成是一个“独立国”的错误言词，周恩来在全国政协常委会上详细介绍了西藏的历史，他说：西藏在唐朝的确“是一个独立王朝”，“但是1300多年以前的独立王朝，到现在还要恢复原状，成为独立国……照这样的逻辑去算，世界就要大乱”，不仅“英国本土就要四分五裂”，“印度也要分成好几个国家”，“所以曾经是独立国家就应该恢复成独立国，成为一个民族国家，这是站不住脚的。”周恩来认为，印度支持西藏叛乱的目的，就是“希望西藏变成在它影响下的缓冲区”，或中印间的缓冲国，这是他们的中心思想，也是中印间的争论中心。