从全国内战爆发，到1946年10月，陕甘宁边区的形势日益吃紧，中共中央和陕甘宁边区各级党政组织转入紧急动员和备战状态。11月11日，中共中央在延安召开干部大会，动员边区军民，保卫边区与延安。朱德总司令在会上号召全边区30万青壮年男子和30万青壮年妇女紧急动员起来，参加自卫战争，人人学会埋地雷、投手榴弹，实现全民皆兵，武装保卫边区。彭德怀副总司令也号召全边区军民准备一切力量，彻底粉碎蒋介石的进攻；主力部队要坚决歼灭进犯蒋军的全部或大部，游击队、自卫军要展开普遍的游击战、地雷战，困死和饿死入侵边区的敌人；全体干部和民众要准备过更艰苦、更紧张的战时生活。刘少奇讲话指出：必须按战争的需要改变全党的组织方式和生活方式，强调严格服从命令，遵守纪律，生活要艰苦节俭。杨尚昆布置了关于备战和从中央负责人起降低生活标准的具体办法。13日，陕甘宁边区机关召开千人干部动员大会，习仲勋、林伯渠、李鼎铭、刘景范等讲了话。习仲勋强调：保卫陕甘宁边区责任重大，一切为了战争，党务的、行政的各种工作都要服从前线、服从战争。他号召每一个共产党员都要站在自卫战争的最前线，保卫延安、保卫边区。林伯渠号召边区军民克服太平观念，迅速转入战时生活，实行节衣缩食。各级政府机构要适应战时，减少人员，转向农村和部队，为战争服务。最后，刘景范布置了各机关人力、物力动员及如何参加战时救护等后勤工作。14日，边区政府成立边区总动员委员会，刘景范为主任，贾拓夫、方仲如为副主任。下设5个部门：动员工作（王子宜负责）、粮草被服（范子文负责）、医药救护（苏井观负责）、后方勤务（方仲如兼）、秘书处（常黎夫负责）。18日，又根据形势发展设立了坚壁清野部（惠中权负责）。
1947年2月，国民党在袭击延安及全面进攻解放区遭到失败后，遂转为重点进攻，矛头直指山东和陕北两个解放区。2月18日，蒋介石调集陕南、豫西、山西国民党军7个旅13个团的兵力，进攻陕甘宁边区关中分区。20日，占领关中分区机关驻地旬邑马栏镇。中共中央为统一指挥边区武装力量，粉碎国民党军的进攻，将进驻边区的晋绥军区第一纵队及陕甘宁晋绥联防军所辖之新编第四旅、教导旅、警备第一旅、警备第三旅等部组成陕甘宁野战集团军，张宗逊、王世泰为正副司令员，习仲勋、廖汉生为正副政委，阎揆要为参谋长，下辖6个旅，2.8万人。2月27日，《解放日报》发表《粉碎蒋介石进攻边区的阴谋》的社论，号召边区军民迅速动员起来，做好土地改革和春耕生产，为保卫边区、保卫延安而战斗。28日，蒋介石与空军副司令王叔铭到西安，召集胡宗南等部署进攻延安。3月1日，胡宗南部进占陇东分区机关驻地西华池。3月3日至5日，西北人民解放军歼胡宗南部十七师之四十八旅，收复庆阳、西华池等地。3月8日，延安各界在商会会场举行保卫边区、保卫延安动员大会，到会1万多人，除尚未转移的机关干部、学校师生外，还有不少农民和民兵。林伯渠致开幕辞后，朱德、彭德怀、周恩来等相继讲话。朱德要求民兵积极配合主力歼灭敌人，切实做到坚壁清野，使敌人进来一点东西都找不到，只剩下空窑洞，进退不得，便于我们消灭。彭德怀列举大量事实，说明边区军民一定能战胜敌人。周恩来指出：不打跨蒋胡军的进攻，就没有真正的和平。邓颖超代表妇女界、王克温代表商界也在会上发了言。为了加强对转移到后方的党、政、军机关的统一领导，1947年3月8日边区政府组建了后方办事处，委员有马锡五、史唯然、习仲勋、高登榜，主任为马锡五。后方办事处的任务是划定机关驻地，统一指挥行动，领导后方机关除奸和生产学习。3月10日，胡宗南部两个整编军、7个整编师共15个整编旅，分别在洛川、宜川集结完毕。11日，胡宗南抵洛川，下达进攻延安命令。11日至17日，国民党飞机连续轰炸延安。16日，刘少奇、朱德、任弼时率领中共中央机关部分人员撤离延安。18日，毛泽东、周恩来撤离延安，开始转战陕北。在转移过程中，边区政府机关几次精简，形成适应战时工作的精干班子。对于战时动员工作，边区政府进行精心周密的组织，除成立总动员委员会统一领导外，边区政府还发布了一系列命令、通知和指示，具体指导动员新兵、征集粮草及担架、运输等战勤工作。
在武装自卫、保卫边区的号召下，边区军民紧急动员起来，部队紧张练兵，区县组建游击队，农民迅速完成近百万石细粮的征集任务，并开始十几万民兵的普遍训练。妇女赶做军鞋，工人每天自动工作12小时。在国民党军入侵之前，边区军民已埋藏好粮食，掩盖了水井，赶走了牲畜，进行了坚壁清野，做好转战的准备。