从1942年3月起，中央研究院全体成员参加了整风运动。在这次整风中出现了王实味事件。王实味，原名叔翰，河南潢川人，1906年生。1926年加入中国共产党，翌年失掉关系。1929年在沪期间与昔日同学、托派分子陈清晨、王文元有过往来。1937年在开封重新入党，奔赴延安，始在鲁艺任教，后在中央马列研究学院编译室从事马列著作翻译工作，1941年7月任中央研究院文艺研究室特别研究员。
全党普遍整风开始后，王实味写了杂文《政治家·艺术家》和《野百合花》，分别发表在2月的《谷雨》杂志和3月的《解放日报》上，对他感到不满的现象提出批评。由于《野百合花》迎合了国民党顽固派反共需要，被国民党利用宣传。这些文章无视党领导下的各级民选政权民主、廉洁、抗日的客观现实，混淆革命和反革命的界限、主流和支流的区别，用夸大事实、热嘲冷讽的语言把抗日民主政权歪曲成充满黑暗专制，打击报复的封建王国，把延安描绘成一幅“肮脏污秽”、“醉生梦死、忘怀斗争”、“缺少同志之爱”的丑恶画面，把个别干部某些官僚主义作风说成“到处乌鸦一般黑”。他从极端民主和绝对平均主义的观点出发，把延安清贫的物质生活渲染为“衣分三色、食分五等”，煽动青年与党的对立情绪。他把文艺与政治的关系庸俗化为艺术家与政治家的关系，说艺术的主要任务是“揭露一切肮脏的黑暗”，呼吁艺术家“首先针对我们自己和我们底阵营进行工作”。主张用杂文笔法对待革命和革命者。
1942年3月18日，中央研究院召开整风动员大会，李维汉宣布院务委员会的决定：院长、秘书长及各主任应是整风检查工作委员会的委员，因为他们有这个责任，并正好考验他们；为了发扬民意，改进工作，整风检查工作期间可以有墙报，但须有组织进行，共产党员不应匿名，否则会变成无政府状态。这引起王实味等人的激烈反对和长时间的争论。他们主张检委会全部由民选产生，墙报可以匿名。结果在多数同意的情况下由群众选举产生了21名检委。3月23日，为配合整风，取名《矢与的》的墙报正式出版，发刊词片面主张“以民主之矢，射邪风之的”、“彻底民主”、“绝对民主”。少数人利用这一办刊宗旨发表文章，再次挑起争论。王实味在《零感两则》等文中，鼓动人们把眼光“应该注意到全延安以至全党”，鼓动青年“必须有至大至刚的硬骨头！”勇敢地反对“上司”，反对领导人。此外墙报还刊有不少鼓吹极端民主和绝对平均主义，把整风的矛头指向所谓的“名流”、“大师”的漫画，有几期甚至悬挂在延安闹市区，观者川流不息，造成了很大的影响。毛泽东听了王震汇报《矢与的》墙报问题后，一天晚上10点多，提着马灯，踩着延河水上的跳石，亲自去看墙报。看完后，他说，这些东西很有教育意义，是很好的反面教材。这样我们就有了思想斗争的目标，这也叫有的放矢嘛！[1]他建议组织延安所有机关、学校、部队、工厂的人员轮流去参观，然后结合整风文件，开展广泛的讨论，彻底分清是非，辩明问题的实质，端正对整风的态度。
为此，中央研究院举行了为期半个月的“党的民主与纪律”座谈会，延安文艺界也举行了为期3天的座谈会，大家都反省了在整风运动开始时认为的整风是“割大尾巴”（即领导方面的尾巴），“整名流上司”等错误认识。毛泽东在《解放日报》改版座谈会上严厉地批评了“绝对平均观念和冷嘲热讽”的作法，指出批评应该是尖锐的、严正的，但又应该是诚恳的、坦白的、与人为善的。接着，中央研究院对王实味的错误进行了重点批评帮助，胡乔木与其谈过两次话，写过两次信，说“毛主席也希望你改好”。中央研究院党委先后8次与王实味谈话，并委托了5个人经常帮助他。通过王实味这个典型，使党员干部提高了对整风的认识，端正了态度。《轻骑队》编委会4月23日发表《我们的自我批评》，“坦白承认过去的编辑方针是有错误的”。主要表现在没有能够坚持以照顾全局的、与人为善的、同志式的精神来进行批评，使批评往往成为片面的，甚至和被批评者完全对立。因而不但不能达到团结的目的，而且在实际上助长了离心倾向，有些还产生了涣散组织的恶果。编辑委员会并检查了产生这些错误的主要原因和提出了克服这些缺点的办法。在中央研究院召开的关于“党的民主和纪律”的座谈会上，经过大家批评帮助，王实味说：“我郑重地严肃地撤销我前天在变态心理下对党委提出的要求……是我所尊敬的几个朋友的‘爱’感动了我。”会议指出：希望没有勇气进行自我批评的同志，勇敢地自我批评。并希望同志们对于担负领导责任的同志，尤其是他们的思想作风和工作作风的改造，多多批评。范文澜总结会议的经验教训后，指出今后大家应注意的几点：下决心彻底反对自由主义，严守纪律，严禁“小广播”，提高政治警惕性，更好地去读文件，要切实地反省自己。
1942年5月以后，在康生的错误指导之下，王实味事件的性质发生了变化。事实上，在王实味问题出来后不久，身为中央社会部部长、中央总学委副主任的康生，已经把王实味看作托派分子、特务。后来，康生又在中央政治研究室发动了一场追查成全、王里、潘芳、宗铮与王实味关系的斗争，把他们相互间的关系与几次往来说成是“托派关系”、“托派组织活动”，最后把他们定为“反党五人集团”。
5月17日至6月11日，中央研究院召开“党的民主与纪律”座谈会，会上对王实味问题的性质进行争论。发言中倾向性的意见认为，王挑拨下级和上级、政治家和艺术家的关系，其立场和党的立场是相对立的，这不单是思想上的错误，而且是政治上的严重错误。于是，从6月1日起持续召开10次对王实味的批判会，参加者有来自延安70多个机关学校的代表多达千余人。会上人们对王的认识“由他的反党立场，到他的反党动机；由他的反动思想，到他的政治上、组织上的反党行为。从思想问题上升到了政治问题和组织问题”[2]。座谈会最后一天，中央研究院的领导明确指出：“王实味的确在我们党内外有意识有计划地散布了一套反动的思想，这种思想就其实质而言是托洛茨基主义的”；[3]“他是个托洛茨基分子”；[4]他的言论行动不只有政治目的，而且有组织企图。6月15日至18日，延安文艺界举行座谈会，批判王实味的错误思想并形成决议，认为王实味的根本思想是托派思想，根据这种思想所进行的各种活动是托派的活动。在此前后，一些文艺团体相继召开各类会议对王实味进行批判。
1942年10月23日，中央研究院党委作出开除王实味党籍的决定，说王“从1929年参加托派活动以来，始终没有停止过托派活动”，“是一个隐藏在党内的反革命分子”，“暗藏的国民党探子、特务”，“反党五人集团成员”。1947年3月，胡宗南进攻延安。王实味在从延安转移到山西兴县时，未经中共中央批准，被错误处决。
王实味问题是整风前夕和中期无产阶级的正确思想同非无产阶级思想对立斗争的激烈表现，对王实味确实严重存在的小资产阶级和资产阶级的立场观点进行批判是必要的。但是，当时由于缺少经验及抗战时期的复杂情况等种种客观原因，对问题未能调查核实，特别是由于当时担任社会部部长的康生的干扰，批判中采取了过于简单化的作法对待王实味，这对后来的整风运动和审干抢救运动都产生了一定的影响。1982年，中共中央组织部作出决定，否定了所谓“反党五人集团”的存在。1991年2月7日，公安部作出《关于对王实味同志托派问题的复查决定》，指出“在复查中没有查出王实味同志参加托派组织的材料”。因此原“定为‘反革命托派奸细分子’的结论予以纠正，对王在战争环境中被错误处决给予以平反昭雪。”
[1] 李维汉：《回忆与研究》（下），中共党史资料出版社1986年版，第483页。
[2] 李维汉：《回忆与研究》（下），中共党史资料出版社1986年版，第492页。
[3] 张如心：《彻底粉碎王实味的托派理论及其反党活动》，《解放日报》1942年6月28日。
[4] 范文澜：《在中央研究院座谈会上的发言》，《解放日报》1942年6月29日。