1937年7月7日,日军炮轰卢沟桥,发动了全面侵华战争,随之京津失陷。孙琳一路颠沛流离,回到上海,而这时的上海也已沦陷。更让孙琳痛心疾首的是,因国民党政府抗战不力,丢了平津,丢了上海,丢了华北大片领土,孙琳的父亲发表了对政府十分不满的议论而被逮捕,关进了苏州隆军监狱,在日军逼近苏州,国军撤退之前和别的一些“政治犯”一起被枪毙了。父亲被捕后,继母不知去向,原先照顾妹妹的姜家怕受牵连,把妹妹撵出了家门。孙琳只好去求父亲的老朋友凌汉舟,把已是十六岁大姑娘的妹妹寄养在他家。凌家收留了妹妹,却无力再收留孙琳,孙琳就成了无家可归的孤儿了。他来到苏州河边,遥望四行仓库,默默向当年宁死不屈、誓死抵抗日寇侵略者的八百壮士致敬。他常常在苏州河边徘徊,为祖国惨遭侵略而痛心疾首,为自己家破人亡而热泪滚滚,痛不欲生。就这样忍饥挨饿,昏昏沉沉,盲无目的的流浪,不知过了多久,有一天碰到了父亲的老友金大妈。此时的金大妈也已家破人亡,剩下她孤身一人,住在红十字会办的难民收容所里。金大妈听了孙琳的遭遇,就把孙琳带到了难民收容所。

当时,中共江苏省委难民工作委员会所属的地下组织,正在各个难民收容所里动员青年难民参加抗日救亡工作。有位难民所工作人员陆先生找孙琳谈话,还把斯诺写的《西行漫记》借给孙琳看。孙琳已隐隐约约猜到,这位陆先生不是普通人,很可能是地下党。当陆先生问孙琳愿不愿意参加新四军时,孙琳当即表态:我恨死日本鬼子了,早就想拿起刀枪跟他们拼个你死我活了!就这样,在1938年的7月,中共江苏省委地下组织经过动员,由上海各界慈善总联合会出面,以迁散难民、到江西浙江垦荒为名,组织了第一批七百多名爱国青年,到皖南参加了新四军,孙琳便是其中一员。恰恰就在1938年“九·一八”国耻纪念日这天,孙琳和其他新战士一起到达皖南云岭新四军军部,进了军部教导总队学习,后来又在鲁迅艺术学院华中分院学习。于是,孙琳从一个家破人亡的孤儿、流落街头的乞丐,转眼间成了一名活跃在抗日前线的新四军文艺战士。