奥古斯丁和阿奎那等人发展起来的神学就是在信仰上帝的基础上，引入了古希腊的哲学。亚里士多德是古希腊哲学的集大成者，加上他的学生亚历山大征服地中海沿岸的国家后掀起了希腊化运动，这个运动一直延续到罗马时代，所以亚里士多德哲学的影响非常大，以至于在神学家们那里，把亚里士多德的哲学当成了古希腊哲学的代名词，他们把亚里士多德的哲学当作神圣不可侵犯的教条应用于基督教神学，构成了一门独特的哲学，人们认它为经院哲学。
由于人文主义的觉醒，必定要反对神学思想。刚开始，人们反对的矛头直指亚里士多德。我们知道，亚里士多德有句名言：我爱我师，但是，我更爱真理。这句话表示，他不赞成他老师柏拉图关于存在一个独立于现实世界之外的“理念世界”的观念。在这一点上，亚里士多德是对的，柏拉图的“理念世界”是客观唯心主义，它实际上和基督教认为存在一个上帝有同工异曲之妙。 许多新柏拉图主义者就是从“理念世界”走进宗教世界的。
在经院哲学中，由于亚里士多德哲学成了基督教神圣的教条，成了绝对的权威，无人可以撼动。所以,亚里士多德的哲学权威首先遭到了人文主义者的挑战。比特拉克就毫无顾忌地批判了经院哲学，他把人类的认识看作是一个不断发展和变化的过程，谁也不能终结人类的认识，即使最伟大的人物的也是如此。亚里士多德不是绝对的权威，以亚里士多德主义为基础的经院哲学也不是绝对的权威。
意大利佛罗伦萨的一些人文主义者，在研究和复兴古代文化的过程中，抛开了亚里士多德，到他的老师柏拉图去寻找新的思想。与基督教主张进入“上帝之国”的理念相对应，柏拉图主张在人间建立一个“理想之国”，这一点，尤其深受人文主义者的欢迎。另一方面，柏拉图的客观唯心主义有受到一些新的神学家的欢迎，他们说亚里士多德哲学不能当基督教会的柱石，只有柏拉图的哲学才能担当教会理论的基础。在这两方面因素的作用下,柏拉图主义复兴了。
这不仅仅只是恢复了某个人的哲学思想，更重要的是恢复了古希腊时代的那种自由思想和自由讨论的学术氛围。打破了经院哲学死板教条的沉闷局面。坚冰已经打破，真理正在迫近。
意大利哲学家马尔西利奥•费奇诺在他1474年写的《柏拉图的神学》中用自己的观点诠释了柏拉图灵魂不死的观念，他把和谐美好的宇宙描绘成一个有序的等级，自下而上的顺序是：物质—性质—灵魂—天使—上帝。 他把人的灵魂放在有形的物质世界和神圣的精神世界的中间。这就意味着，人的灵魂既可以向下认识物质存在的真理，又可以向上进入一个精神世界，进而和天使沟通，进一步和上帝结识，进而引伸出人有无限的认识能力和无限的创造能力。费奇诺从柏拉图的神学出发，结果却走进了人文主义的认识论。
另一位意大利哲学家乔凡尼•皮克在《论人的尊严》的讲稿中进一步发挥费奇诺的思想，说上帝没有给人固定具体的位置，人完全可以按照自己的意愿来判断和选择自己的位置，人是他自己命运的自由创造者。皮克也是从神学和宗教的角度来论人的尊严，同样他也走进了人文主义的认识论。
一些人文主义者在批判经院哲学中的亚里士多德主义的同时，开始认真研究亚里士多德哲学的本来面目。柏拉图认为人有两个灵魂，一个灵魂是可朽的，另一个灵魂是不可朽的。中世纪神学家阿奎那的经院哲学就认为人的灵魂只有一个，它是不可朽的。亚里士多德不认同他老师的观点，认为不存在离开人体以外而独立存在的灵魂。人文主义者在灵魂的讨论中恢复了唯物论的亚里士多德主义。在这方面的杰出代表是意大利哲学家比埃特罗﹒彭波纳齐（1462—1524年），他说，根本不存在离开人的肉体而存在的灵魂，离开人的肉体，灵魂就不会有任何活动，因为，人的灵魂与人的肉体是分不开的，而人的肉体是绝对会腐朽的。人又与动物不同，人的思想和行为会产生社会影响，传递后世，在这个意义上，灵活又有不朽的一面。
乔尔丹诺•布鲁诺(1548-1600年)也是意大利的人文主义的哲学家，思想家。他以怀疑主义为武器，蔑视基督教经院哲学的种种权威。布鲁诺认为，人们要从僵死的经院哲学教条中挣脱出来，回到感知和理性中来，按照自然本身的原理来研究自然，就必须以怀疑为思想武器。他否定神学的灵魂不朽说，他认为，所谓灵魂不朽绝不是指个人的灵魂不朽，而是指自然中生命原则的永恒和不可消灭性。布鲁诺的物质观，时空观，宇宙观都叛逆了基督教的上帝创世说，他认为宇宙是无限的，所以，宇宙的任何地方都可以看作是宇宙的中心。他在《论无限﹑宇宙与众世界》中用激动的心情﹑鼓舞人心的诗句表达：他感到，人们正在冲破上帝创造的有限的宇宙，奔向那从来都不是任何人创造而是永恒存在的无限辽阔的宇宙天地。
布鲁诺曾获神学博士学位，也得到了神甫教职，但是由于他的人文主义思想和言行触犯了教规，于是他被割除了教籍，教会要进一步审判他，他不得不潜逃他乡。在逃亡的流浪生活中，他丝毫没有动摇自己的信念和意志，每到一地，冒着被教会跟踪﹑监视和迫害的危险，毫不懈怠地继续宣传哥白尼的日心说，宣传他的无神论哲学。1592年，威尼斯一个贵族邀请他去讲学，他不幸落入教会的圈套被捕，后被引渡给罗马宗教裁判所，在近8年的监禁中，他受尽了折磨和凌辱，但始终不能动摇他的意志，放弃他的信仰。1600年2月6日，当宗教裁判所的红衣主教宣判他的死刑的时候，布鲁诺大义凛然地说：“大概你们宣读判决时比我听到判决时更加惊恐万状！”他还说：“一个人的事业，使他自己变得伟大时，他就临死不惧。”宗教裁判所在罗马鲜花广场对他施行火刑，在熊熊的烈火中，布鲁诺高呼：“火，不能征服我，未来的世界会了解我，会知道我的价值！”
E﹑马丁•路德的挑战
基督教经院哲学的核心是信仰上帝，文艺复兴中人文主义思潮的核心是智慧和理性，在彼特拉克那里，还只是仅仅认为，古典文化的智慧和理性是可以和以信仰为核心的基督教文化相融合的；到了马基雅弗利的时候，已经认识到理性高于信仰了。马基雅弗利说：上帝只是“对头脑糊涂的人有特别大的威力”，对有理性的人来说已不是崇拜的对象了。而到爱拉斯谟的时候，对基督教会存在的种种弊端，教皇的特权和专制已经深恶痛绝了，这些弊端非扫除不可，教会的现状非改革不可了。他主张用理性重塑人类道德。
爱拉斯谟（1466-1536）是著名的荷兰人文主义者，文艺复兴时期宗教改革运动的思想先驱。他对欧洲各国尤其是德国的人文主义运动有很大的影响。他注重人的尘世快乐，认为人必须顺从自然，遵循自身的本能而生活；他说，如果没有快乐，生活中每时每刻都是悲哀；没有情欲，也就不会有人类的繁衍。他认为人的理性、智慧，能够认识自然、造福人生。在他看来，愚昧无知是社会罪恶的根源，普及教育，传播知识，是消除这些社会的弊端的唯一有效途径。
爱拉斯谟批评基督徒是愚蠢的：
“没有一个傻瓜的行为会比这些被基督教狂热迷住了的人更为愚蠢了；因为他们大量施舍钱财，他们宽恕罪过，任人欺骗，不分敌我，弃绝快乐。饱尝饥饿、失眠、痛哭、辛劳、斥责之苦；他们恶生恋死；总之，他们对普通的感觉似乎已经变得麻木不仁，简直像灵魂已经离开他们的肉体到别处去了似的。确实，这不是疯狂又是什么呢？……基督徒费尽千辛万苦追求的幸福，不过是一种疯狂和愚蠢而已。” ——《西方哲学原著选读》商务印书馆1981年版316页
同时，他以犀利的笔锋抨击了教会僧侣和神学家的“疯狂和愚蠢”，嘲笑僧侣们伪善的禁欲主义，揭露他们自己放荡淫逸，却要别人远离肉欲享乐，追求来世幸福；讽刺神学家们的烦琐论证和不学无术，自以为无所不知，实际上一无所知；还揭露教皇和贵族的专横和好战，痛斥他们“用刀剑来继续行善”，为什一税而战斗。
封建制度的衰落，天主教会的腐败，社会道德的地下，民众经济负担的加重，使得社会危机、教会危机凸显。出现了许多人文主义者对教会黑暗的无情揭露，有的把矛头直指教皇。例如布鲁尼在1417年写的《反对伪善者》中，描绘了僧侣的伪善形象：污秽的面孔，破旧的衣衫，光头赤脚，出入各种场合，嘴里念着耶稣，口说不恋钱财，好一副苦行僧模样。实际上，他们欺诈哄骗，沽名钓誉，游手好闲，诱骗妇女，是十足的伪善者。再例如牛津大学神学教授约翰•威克里夫公开对抗教皇，他坚定地站在维护英国王权利益的立场，拒绝教皇在英国有神职任免权，否认英国是教皇的侍臣国，反对教皇向英国征收捐税，支持英国国会发表谴责教皇的宣言，反对教皇权力至上，声明王权不受教权的支配等等。
1412年，教皇的特使在布拉格出售赎罪券，受到了布拉格大学校长胡斯的愤怒谴责，并导致了布拉格民众反教皇的示威游行。游行遭到了教会和上层贵族的镇压，胡斯被勒令离开布拉格，胡斯到了捷克南部继续宣传农民，反对教皇。1415年胡斯被判犯有“异端”罪，剥夺神职，并移交世俗司法处以火刑。胡斯宁死不屈，拒绝忏悔，他说：“我没有必要忏悔，我没有犯死罪。”他慷慨赴死，成为宗教改革第一位殉道者。
德国爱丁堡大学《圣经》科教授马丁•路德（1483—1546年）对当时社会危机和基督教会的危机感到迷茫。他认为，传统教会要求人们履行的礼仪和神功，并无助于人们解除深沉的内心苦闷，经院神学亦只能引领人的心灵走入死胡同。他向往中世纪的一些具有改革思想的人物，企图找到一条宗教改革的道路。他又受到人文主义者爱拉斯谟等人的影响，经过一番深入的研究，他在《新约•罗马书》中看到：“义人必因信得生”的启示，从中悟出了道理：基督教的信仰实际上很简单，只要坚定地信仰上帝，上帝就会恩赐与他。他把这个新见解就叫“因信称义”。即灵魂得到拯救的人在上帝面前被称为义人，要成为义人，并不在于本人自己善行所积下的功德，而在于上帝的恩典和人对上帝的笃诚信仰。恰恰相反，当时教会所推行的却是“因行称义”：就是必须通过朝圣立誓﹑禁食禁欲﹑布施赠馈﹑购买赎罪券﹑参加十字军等形式化的行为，积累一定的善功才能使灵魂得到救赎。
当时，罗马教皇奥利十世以修缮彼得堡大教堂为名，派教廷大员到德意志各地兜售赎罪券聚敛资财，说不管有什么罪，都可以通过购买赎罪券而得到救赎，他们说“钱币一叮当落入钱筒灵魂就超脱炼狱”。不少诸侯、贵族及市民阶层对此甚为不满。路德于在1517年10月31日，以学术争论的方式在维登堡城堡大教堂的大门上张贴出了《九十五条论纲》，欢迎大家对教会某些弊端进行讨论。论纲认为：告解圣事的中心是悔改，而不是向神父认罪；肉身的苦修和禁欲，若无内心的忏悔便毫无用处，即使是积累功德、购买赎罪券也无济于事。
当时社会上，早已存在着强烈的反教皇情绪，人们对教会弊端深感不满；反对教廷在各地抽税的做法，反对教廷用出卖赎罪券的办法敛财。为了不扩大影响，路德写作的《九十五条论纲》采用了拉丁文，出乎路德意料之外，教士们马上把它口译为德语，好使民众都知晓其意；又相互传抄，寄发其他教区，《九十五条论纲》的讨论，一下成了路人皆知的话题。其实，路德反对赎罪券，是出于神学上的理由，它却引起社会强烈的回响。使得《九十五条论纲》这份原本不过是为学术讨论用的小字报，竟然转化成一桩轰轰烈烈的社会运动的导火线。
其实，论纲并没有任何反对教皇的意味，其中有的条文还明确肯定了教皇的赦罪权，路德所反对的仅是发售赎罪券而已。路德以为，赎罪券只是帖次勒等少数人在作怪，教皇本人并不知情。但是，他的做法，无疑是向阿伯勒大主教的权威作出挑战；谁知这位主教大人并不和他辩论赎罪券问题，却将问题的焦点转移到教皇权威之上。阿伯勒认为路德的做法，是对教皇权威的冒犯，是挑战教皇的绝对权力。
与阿伯勒大主教的行为相反，当地撒松尼的选侯弗得烈坚决站在路德一边，保护着他。弗得烈本人不明白反对赎罪券的神学理由是什么，也没有宗教改革的理想。他就是不赞成别的教区主教在他的辖地贩卖赎罪券，侵犯他的利益；另一方面，无论如何，他要保护他所管辖的威登堡大学及教授。他对路德的保护，对路德的性命安危起了决定性的作用。与此同时，路德所属的德国奥古斯丁修会举行集会，布塞琪等重要人物宣告支持路德。他们也成了路德的一个重要道德声援。
1518年，路德被召往奥斯堡议会听审，由枢机主教迦耶坦主持。迦耶坦要求路德收回《九十五条》，路德不肯就范。迦耶坦清楚指出，路德的行动乃是直接冒犯了教皇的权威，因为赎罪券的发售是得到教皇御准的。路德万料不到，他本来只是反对一项明显不合圣经的错误行径，却竟然被无限上纲成为向教皇的宣战。路德对此焦虑不安，集中精力到圣经中去寻找理论根据。
1519年，经过对教皇历史的研究，路德发现教皇原本并没有这些神圣权力，教会的权力也是大公会议赋予的。对于教会来说圣经才是绝对的权威。路德用他研究出来的这些理论和当时一位非常有名的神学家厄克在莱比锡辩论，路德当然不是对手。厄克指出，即使像路德所说，教皇的权威附属于大公会议之下，但是，君权神授，否定了教皇的权威也就否定了大公会议的权威，教会的所有制度都不是孤立的，都是相互联系的，牵一发而动全身，反对教会的某一项制度就等于反对整个教会。这使得路德骑虎难下，要么承认现实，认错服输，收回论纲的言论；要么继续挑战从教皇到大公会议的一切教会的建制，投身于宗教改革的行列。路德选择了后者。路德又陆续发表了《关于教会特权制的改革致德意志基督教贵族公开信》、《论教会的巴比伦之囚》、《论基督徒的自由》等文章，公开指出教会不应该干涉世俗政权，如果教会不能通过自身的改革来克服这些弊端的话，国家政权应予以干涉等等。显然，路德的言行已经发展到对教皇权威公然对抗的程度。
1520年，教皇曾给路德去信警告，要他焚烧所有的著作，并下令要路德在两个月内悔改。但此信却被路德当众焚烧了，并且，写了《反对敌基督者的通谕》。1521年1月2日，路德终於被教皇开除教籍。同年的4月，路德被传到沃木斯国会听审，由德国皇帝查理五世亲自主持。审判的结果是，命令路德返回威登堡，而且不准再讲道。约在一个月後，国会发出对路德通缉令，而教廷也计划将路德逮捕，以异端罪名处死。弗得烈预知德国皇帝及教皇将会对路德不利，在路德回到威登堡的当天连夜将路德送到瓦特堡城堡中保护起来。
路德虽然逃难到瓦特堡躲起来了，但是，撒松尼的宗教改革却进行得如火如荼，许多修士离开了修道院，他们宣扬基督教的改革思想，推动改教事业。一些人文主义者也加入改教行列；改教包括关闭修院、迫令修士还俗、信徒人人都可以当祭司，在圣餐中平常信徒既可以领饼也可以杯饮（原来只许神甫领杯饮酒）等。
路德的宗教改革思想主要有以下三方面：
第一，提出“因信称义”的思想。路德把基督教最基本的信条（信奉上帝）建立在教徒的内心，他把拯救灵魂的钥匙从教会和神职人员手中转到了每一个拥有真正信仰上帝的基督教徒手中，把人从教会和教皇的精神奴役中解救出来；从外在性的善功和圣事中解放出来；使人获得精神上的自由和救赎灵魂的自主权。这是与人文主义个性解放相对应的宗教改革。
第二，否定了教皇和教会的种种特权。首先，否定教皇的神权，教皇并不代表神；教皇不能独占《圣经》的解释权，教皇无权干涉世俗政权。其次，教会只是传播福音和施行圣事的一种精神统一体，它不应该是施行权力的宗教实体。路德主张组织独立于罗马教廷的德国教会，将教会的土地收归国有。
第三，简化宗教圣礼仪式。路德提出，把传统的七项圣事礼仪缩减为洗礼和圣餐两项。
继德国之后，欧洲各国纷纷加入了宗教改革的行列。由马丁•路德引发的这一场宗教改革运动之后，基督教产生了一个新的教派——“新教”或者叫“正教派”。
这场宗教改革实质上就是基督教的人文主义运动，它打破了欧洲以罗马教廷为中心天主教的一统天下，推动了近代民族国家的形成，解放了人们的思想，为欧洲由中世纪迅速走向近代资本主义奠定了基础。
人文主义的觉醒是人们从封建迷信中、宗教幻想中觉醒过来，一批优秀思想家开始探索以人为本的文学、艺术、哲学、宗教、直到社会政体应该怎样来构建。他们的探索为资产阶级的启蒙运动准备了有力的思想武器，为资本主义政治体制的创立进行了理论探索和舆论准备。总之，人们已经从中世纪的迷梦中醒来了，他们要用满腔的热忱去创造一个前所未有的以人为本的美好社会。