人类从神学时代到科学时代的第一次突破是哥白尼提出了“日心说”；第二次突破是达尔文提出了“进化论”。这两次重大突破都是把人们从神学的蒙昧中解放出来。神学思想认为：上帝创造了地球，地球是宇宙的中心。哥白尼说：不！太阳是中心，地球绕着太阳旋转；神学思想认为：上帝创造了人，人管辖生灵万物。达尔文说：不！生物的进化创造了人，地球上的生物和人都有或近或远的亲缘关系。
哥白尼到临死的时候他才敢于发表它的著作《天体运行论》，当他接到他的出版物的时候，他已经奄奄一息了，垂死之人有何惧之。可是竭力宣传“日心说”的布鲁诺却被宗教审判所烧死在火刑柱上。所幸，达尔文的时代宗教权力远不如中世纪那么强盛了。尽管这样，《物种起源》的出版，在欧洲乃至整个世界都引起轰动。引起了那些坚决捍卫神学思想的宗教人士和绅士权贵的狂怒，他们群起而攻之，强词夺理，胡搅蛮缠，例如说什么“进化论说人由猴子变来”是对人类尊严的挑衅，是对圣灵的亵渎。
由此可见，进化论深深地毁坏了神学思想的根基，清除了神权统治的根本。直到现在，毎有机会，一些至今尚怀有宗教情结的“科学家”们，总是善于借助科学的新发现和疑问，对进化论攻其一点不及其余，用细枝末节的问题提出责难，对原理提出质疑，企图从根本上否定进化论，恢复神创论。
和任何事物都一样，达尔文的进化论也存有缺陷。
其一，它只看到了渐变，忘却了突变的重要性。达尔文认为，生物的进化是微小变异的积累，物种类型间之所以有非常明显的区别，是因为许多中间类型在生存竞争中被自然淘汰了。现在，生物学已经深入到分子级别的认识水平，人们认识到遗传基因的突变在物种进化中所起的重要作用。
其二，达尔文指出生存竞争是物种变化的主要原因，并指出在生存竞中自然的条件、种间竞争和种内竞争三方面。他片面地认为，种内竞争为最激烈和最主要。
其三，达尔文不恰当地把生物界的进化规律应用到人类社会，他认为，对人类的进化起作用的是性选择、生存竞争和自然选择，说男女在生理上的差异以及由此导致的不平等是天赋的，而且将人类分为高低等级，说贵族要比中等阶级生得美，甚至说，人类种族间的斗争完全取决于智力和道德上的品质。
但是，正如上文所说，达尔文第一次为生物学引入了科学的机制，指出了物种具有变异性和承继性。“物竞天择”“适者生存”是物种进化的原因。达尔文推翻了那种把动植物种看作彼此毫无联系的、偶然的、不变的、神造的观点。达尔文生物进化论是人类思想史上最伟大的成就之一。
D、智慧设计论
生物是进化而来的，这是当今的科学界一致认同的科学事实，生物学界沿着达尔文进化论的方向展开了深入的研究，取得了丰硕的成果。随着究研的深入，对物种具体如何进化而来，产生了不同的争议，甚至有人提出，还有别的机理可以解释生物的进化。这些都属于正常的学说争鸣。但是，事物总有相反的一面，总有人想推翻进化论，回到神创论。
2006年2月21日《世界网络日报》刊登的由514名科学家联合签署的声明，这个声明只有两句话：“我们对随机突变和自然选择能够解释生命的复杂性这种说法表示怀疑。应该鼓励仔细研究用以支持达尔文理论的证据。”
据说，这514名科学家包括154名生物学家、76名化学家和63名物理学家，他们都拥有生物科学、物理、化学、数学、医学、计算机科学和一些相关学科的博士学位。
乍一看声明的内容，似乎是学说争鸣的平常语言，但是，组织这次集体签名的机构是美国的“发现研究所”。众所周知，这个发现研究所正是提出轰动一时的所谓“智能设计论”的机构。这就给外界一个很深的印象，认为这项声明意味着“科学家们”要用“智能设计论”来反对“物种进化论”。加上媒体的炒作，一时间科学晴朗的天空乌云滚滚，仿佛一夜之间达尔文的进化论已被科学界唾弃了，上帝又回来了。
乍一看这些签名人的头衔，似乎也要唬人一跳。其实根据行内人士分析，大部分人士其实算不上真真的科学家。只有一部分在研究型大学当教授或在正规研究所当研究员，可以冠名“科学家”，但是，一般没有较高的学术地位，在名不见经传的末流大学任教。只有一人是美国科学院院士，他的名字放在第一位。这位院士叫斯盖尔(Philip Skell)是个化学家，并不是生物学院士，他的生物学方面的造诣没有专业性，权威性。美国科学院有几千名院士，其中还有7%的院士信仰宗教，只有一位院士签名对进化论对“随机突变和自然选择能够解释生命的复杂性”表示质疑。实在不足为怪。
签名的人当中，大部分没有生物学方面的学位，更不是生物学家。在当今的生物学界极少有人敢于出来冒天下之大不韪反对达尔文的进化论的。只有美国里海大学生物化学教授比希(Michael Behe)算是另类，他一直熬到成为终身教授之后才敢出面反对进化论。他是要当美国神创论运动的旗手，他的这种行为使得他的同系教授们蒙羞，联合签署反对他的声明。
何谓“智能设计论”？
“智能设计论”或者叫“智慧设计论” （Intelligent?? Design），它是美国“发现研究所”创造出来的一个理念。它认为世界上的生物构造是如此奇特和复杂，特别是人们揭开生物DNA的秘密后，没有人不为DNA的精密结构和自组织的复制能力感到惊叹的。它认为这绝不是自然所能为之，不可能是进化和自然选择得来的。必然是某种“超级智慧”所设计或者干预下的产物。
他们还提出许多“有力的证据”：比如，座落于南达科他州基斯通附近的美利坚合众国总统纪念公园，依山雕刻着华盛顿、杰斐逊、罗斯福和林肯四位美国前总统的巨大头像。“智能设计论”者说，它就是由高级智慧的人设计并雕琢出来的，要靠大自然的风雕雨刻出四位总统头像，那是极小极小的几率，通俗讲那是不可能的。再比如，我们在海滩上写上一组词汇，一看就知道是智能设计者所为，也就是说，这是人为的，想靠海浪的冲刷或者风雨的雕刻出这样一组词汇，那是极小极小几率的事件。由此推论，物种应该起源于“智能设计”。
这些理由还真有点蛊惑人心。为要讲清这个问题，我们得多费点口舌。讲一讲生命的起源。