清末新政与前两次新政一样，指导思想是“中体西用”“不易者三纲五常”“可变者令甲令乙”。但这只是清王朝的一厢情愿，无论是从时代潮流，还是社会要求看，庚子以后的变法不仅不可能停留在“令甲令乙”式的洋务新政水平上，也不能仅仅重演戊戌新政。所以，清末新政比前两次新政都前进了一大步。
清末新政的主持者仍然是清朝政府，但已不像前两次新政那样只是统治集团中的某一个政治派别如洋务派、帝党，而是由整个统治集团主持变法，并且向下延伸到绅士、商人、学堂师生及一般市民，他们都以高涨的热情和自觉的行动积极参与这场政治变革运动，其社会动员的广度和深度是中国历史上所不曾有的。因此，已经没有要不要兴西学、要不要变法这类争论，而只有变法的快慢、立宪早晚的分歧，以及利益分配上的争夺。无论是变法，还是立宪，几乎已成为君臣上下一致的呼声和行动。
在新政时期，清廷一面在国内创办新式学堂，一面派遣大批学生出国留学。在派遣的留学生中，去日本留学的人数最多。清朝对留学生是抱有厚望的——期待着他们学成归来，“戴红顶，做大官”，做大清王朝的管理人才。可是，事情的发展超出统治者的预料，留学生产生了强烈的改造国家的愿望。他们翻译书籍，创办杂志，用学到的先进思想启蒙国民。清政府对留学生进行严密的监控、防范和镇压。这些做法激化了留学生与清廷之间的矛盾，促使留日学生几乎一致地倾向了革命，成了后来推翻清朝的重要力量。
经过甲午战败和八国联军侵略北京两件大事的刺激，清廷已经清醒地认识到组建新式军队的重要性。要训练新军，新式军官就必须有相当的学识，接受先进的军事思想，这才能保证他们使用现代化的武器装备，于是，清政府派遣一批人到日本学军事，可是军事改革也引发了与教育相似的效应。这批接受了先进思想的军人，不再“忠君”了。结果，当辛亥革命发生时，原来属于清朝的新军大部分倒戈，站到了革命的一边。从这个意义上讲，清末新政也可算为自己培养了“掘墓人”。
清末新政最初虽然是朝廷发动起来的，可它后来的发展轨迹却超出了朝廷的设想，这个日薄西山的王朝已经没有能力控制这场改革的目标了。一场整体性的社会变革，它本身往往是有发展规律的，而这种规律并不以发动者的主观期望为转移。