随着太平天国农民革命的胜利发展，特别是定都南京以后，农民小生产者固有的阶级局限性明显表露出来。一些领导人被胜利冲昏了头脑，加上封建思想的影响腐蚀，骄傲自满，贪图享受，追求特权，讲究排场，大修王府宫衙，颁布繁琐的等级礼制，争权夺利斗争越来越严重。洪秀全进入南京城后就兴师动众，大修天王府，选民间秀女入宫，宫中的杯、盘、壶等全部是金玉器皿，过着奢侈豪华的帝王生活。天王同其他诸王的关系再也不是兄弟关系，而是君臣上下关系。每个王都有千人以上的僚属和侍从人员。杨秀清也大修东王府，他每次出府，“役使千数百人如赛会状”。封建等级制度发展到极端繁琐的地步，官员出巡都坐轿，天王的轿夫6人，东王的轿夫8人，下至两司马还有轿夫人。高级官员出巡，小官和士兵都要回避或跪在道旁，否则就要受到惩罚。这些情况说明，太平天国领导者进入大都市以后，失去了与群众同甘共苦的作风，他们已严重脱离了群众。
总之，在政治上，他们实行封建等级制和世袭制，追求特权名位，争树个人权威。在组织上，结成宗派集团，网罗党羽，争权夺利。在生活上，贪图安逸，奢侈腐化。
领导集团内部明争暗斗、勾心斗角的现象愈演愈烈，终于在太平天国全盛时期，1856年发生了天京变乱的悲剧。居功自傲的杨秀清不再满足九千岁的地位，胁迫洪秀全封他为万岁。洪秀全为了维护自己“天下一人”的权位，表面答应，但立即密召韦昌辉、石达开等回京。9月，韦昌辉回京杀了东王杨秀清全家及其部属两万余人。石达开回京后对韦昌辉滥杀无辜不满，韦昌辉又杀了石达开全家，石达开逃出天京，在安庆召集大军举兵靖难。在石达开大兵压境和满朝将士的要求之下，洪秀全下令处决了韦昌辉，并召石达开进京辅政。石达开回天京后，受到了全朝文武的热烈拥护，推举“提理政务”，并推其为“义王”。1857年初，在石达开主持下，太平天国开始扭转自天京内乱以来军事上所处的逆势。然而石达开的才略和声望，却使天王洪秀全产生了疑忌和恐慌。他虽然任命石达开为“通军主将”“提理政务”，却不给他以军师的名号，又“不授以兵事，留城中不使出”。他另封自己的长兄洪仁发为安王，次兄洪仁达为福王，借以掣肘石达开。李秀成说，此二人“又无才情，又无算计，一味古执”“朝中之人，甚不欢悦”。石达开与安、福二王结怨已深，石达开被迫于1857年5月率10万精锐部队出走，造成太平天国的分裂，使太平天国的力量在韦昌辉的屠杀后又一次遭到很大的削弱。
天京事变和翼王石达开出走成为太平天国由盛而衰的转折点。为重整纲纪，挽救危局，洪秀全提拔了李秀成、陈玉成等一批有军事才能的青年将领，并让洪仁玕总理朝政，形成了新的领导核心。《资政新篇》的提出，稳定了政治局面；
枞阳会议的召开，浦口、三河等战役的胜利，拯救了军事危局，使太平天国转危为安。1860年5月，太平军把包围天京将近两年四个月的江南大营彻底粉碎，天京解围，太平军乘胜东进，连克丹阳、常州、无锡、苏州等地，太平天国取得了新胜利。
太平天国后期虽然取得新胜利，但敌我力量发生明显变化，形势对太平天国十分不利。曾国藩的湘军和李鸿章的淮军日益壮大，成为太平军的劲敌，特别是第二次鸦片战争结束后，中外反动势力已勾结在一起，外国侵略者不仅以洋枪洋炮支持清政府，并且组织了“洋枪队”“常胜军”等直接与太平军作战。此时的洪秀全却日益消极，不理政务，只注意自己个人的权位和洪氏小朝廷。对太平军将领赏罚不明，大搞裙带关系，滥封王位。洪秀全以为，封王可以收买将士之心，结果却完全相反，他使各将领间互不服气，矛盾重重，甚至相互拆台，各搞一套。使太平军队伍严重不纯，纪律败坏，缺乏战斗力，太平军从内部腐败了。
1863年太平天国军事形势更加恶化。太平军在天京与曾国藩率领的湘军长期激战，但终未取得胜利。12月，李鸿章的淮军与戈登的洋枪队相配合，攻占苏州。186年3月，杭州失守。至此，苏浙战场瓦解。天京已成为一座孤城，不久被清军包围得水泄不通，形势十分严重。忠王李秀成在苏州失陷后匆匆赶回天京，向天王提出“让城别走”，遭到洪秀全的严厉申斥。天京粮食供应不继，天王下令“合朝俱食甜露”，即吃以百草制成的草团。李秀成多次组织出击，阻止敌人合围，但未取得成效。186年6月，洪秀全病逝。同年7月，湘军攻占天京，至此，波澜壮阔的太平天国农民革命，终于在中外反动派的联合绞杀下失败了。
太平天国的失败，从客观上说，主要是中外反革命力量过于强大。因为太平天国革命不但打击封建势力，同时也直接威胁外国侵略者在中国的利益，所以，中外反动势力最终建立起反革命的联合战线，共同镇压太平天国革命，太平天国的敌方势力是很凶恶强大的。从主观上说，因为阶级和历史的局限性，使太平天国不可能掌握科学的思想武器。太平天国利用宗教发动起义，在初期起了重大作用，但宗教是对世界歪曲的反映，它最终会麻痹革命者的斗志。宗教为洪秀全招揽了不少狂热的信徒，不惜牺牲一切以从，但在后期，他陷入宗教迷信不能自拔，他强调诸事均有天父、天兄作主担当，太平一统即将到来。但何以久久未能实现，屡屡战败失地？不仅一般人不再盲从，甚至他的高级将领的信心亦生动摇。而他本人似乎反陷溺愈深，极力使自己神化，一心依赖神力，忽视现实，失去理智。太平天国领导未能制定一套适合时宜的政策、策略和革命纲领，不能形成革命的大联合。太平天国虽然颁布了《天朝田亩制度》《资政新篇》等改革方案，但前者是绝对平均主义的空想，后者又脱离实际，都无法付诸实践。太平天国利用宗教对传统文化予以严厉批判，如捣偶像、拆孔子牌位、焚书等，使本土文化严重扭曲，激起知识分子的反目。曾国藩书《讨粤檄文》，打出卫道的旗帜，许多读书人加入湘军。太平天国领袖在军事策略上也犯了严重的错误，未能集中优势兵力去消灭清王朝的有生军事力量，最后反而被清军各个击破。太平军占领南京后实行军事冒险主义，作出了不符合客观条件的既北伐又西征的战略决策，在无法实施战略协同的两个方向同时出击，结果北伐军全部覆灭，西征军也付出重大代价，坐失了消灭清王朝的有利时机和战略上的主动权。太平天国的领导者既不认真研究敌人，也不努力提高自己的战略修养，以致战略指导上逊于敌人，这也是导致其失败的一个主要原因。主观上还由于太平天国领导者自身思想问题，如确立了森严的封建等级制；大兴土木，追求腐朽生活方式；任人唯亲，滥封王爵等。这说明太平天国领袖封建等级思想、宗派思想的严重性，奢侈腐化、贪图享受以及追求个人权力，最终导致集团内部的相互残杀和严重分裂，以致严重削弱了革命力量。
太平天国运动虽然失败了，但这场波澜壮阔、气势宏伟的起义，历时1年，波及18个省，其规模之大、时间之长、影响之深，都是史无前例的，在中国历史上写下了辉煌的一页。
太平天国农民运动沉重地打击了清王朝的统治，强烈撼动了清政府的统治根基。太平军所到之处，猛烈地冲击了封建统治的势力和封建社会的秩序，严惩了一批残酷压迫人民群众的豪绅官吏，极大地削弱了清王朝的统治基础。在太平天国起义的影响下，各地各族反清起义风起云涌，如天地会起义、捻军起义及各族起义等，加速了清王朝的衰败过程，成为中国历史旧式农民战争的最高峰。它建立了与清朝政权相对峙的农民政权。在政治、经济、军事、文化等方面建立了比较系统完备的制度，提出了以否定封建地主土地所有制为核心的革命纲领——《天朝田亩制度》，又提出了以建立和发展资本主义经济为中心的革命文献——《资政新篇》，提出并部分地贯彻实行了代表农民利益的一系列政策措施，对封建的经济基础、上层建筑都给予了猛烈的冲击，这无疑会起到推动社会生产力发展，促进商品经济的成长和民族资本近代工业出现的作用。
太平天国农民战争有力地打击了外国侵略势力。太平天国领袖们拒绝不平等条约，严禁鸦片贸易。当中外反动势力勾结在一起共同镇压太平天国时，太平天国将士们进行了英勇的斗争。太平天国革命第一次把反帝反封建斗争结合起来，说明近代时期的农民不仅是反封建斗争的主力军，而且是反抗外侵的主力军。尽管太平天国革命者在某些时候对外国侵略者的认识是不够的，但是他们坚持反对殖民侵略和民族压迫，坚持严正的外交立场，表现出伟大的英雄气概和爱国主义精神。
在19世纪中叶的亚洲民族解放运动中，太平天国农民战争时间最长、规模最大，它和其他亚洲国家的民族解放运动汇合在一起，冲击了西方殖民主义在亚洲的统治，对其他国家的民族独立和改革运动也有所促进。当时俄国进步作家冈察洛夫曾经指出：太平天国革命对新加坡、印度、英国和美国来说，好像是地震似的打击。马克思更是精辟地指出：“中国革命将把火星抛到现代工业体系的即将爆炸的地雷上，使酝酿已久的普通危机爆发，这个普通危机一旦扩展到国外，直接随之而来的将是欧洲大陆的政治革命。”《马克思恩格斯选集》第2卷，北京：人民出版社，1972年，第6页。
太平天国是近代中国最后也是最大的一场农民革命运动。可是这场曾经咤叱风云的运动从洪秀全率众起事开始，到占领南京建立“天朝”政权，仅仅只维持了十四年的时间就覆灭了，这引起后人无尽的深思，从中也可以得出一个启示，那就是：单纯的农民战争不可能为中国找到出路，不可能完成争取民族独立和人民解放的历史任务。
农民作为小生产者，首先是被剥削、被压迫者。他们感受到半殖民地半封建社会强加给他们的沉重负担，因而渴望从水深火热的苦海中解放出来，找到“千载太平”的理想世界，产生原始的农民“共产主义心理”。其次是小生产者、小私有者。他们不是先进生产力的代表，政治眼光狭窄，找不到新的科学理论，找不到新的社会制度来代替旧的社会制度，不可能把封建当作一个制度来反对，把地主当作一个阶级来反对。兼之，在封建社会里作为小生产者的农民，其个体生产方式是属于封建经济体系中的一种而存在，是封建统治的经济基础。因此，农民看问题摆脱不了封建思想的束缚。他们一方面渴望理想的社会生活，另一方面又用很不自觉的、宗法式的、宗教狂的态度来观察社会生活中、革命斗争中的重大问题。