石泉县地处陕西南部，北依秦岭，南接巴山，长江最大的支流——汉江由西向东横贯全境，南北重峦叠嶂，中部河流纵横，呈“两山夹一川”之势，是秦巴山地的重要组成部分。全县总面积1525平方公里，辖8镇7乡，202个行政村、10个社区，常住人口18.3万人。
1998年6月至2007年5月，中共石泉县委员会（以下简称“中共石泉县委”）先后历经第十一、第十二、第十三三届委员会。其间，中共石泉县委以中共十五大、十六大以及省、市（地）党代会精神为指导，坚持以经济建设为中心，坚持党的基本路线，认真贯彻执行党的各项方针、政策，全面推进党的思想、组织、作风建设，促进了全县改革开放、经济建设和各项社会事业的健康发展。
1998年6月，中共石泉县委认真贯彻执行《党政领导干部选拔任用工作暂行条例》和《陕西省乡镇党政领导干部选拔任用工作暂行规定》，结合实际，制定下发了《关于选拔任用党政领导干部的若干意见》《干部选拔任用工作制度》《领导干部离任审计制度》和新提拔领导干部试用期制度，以及《关于进一步做好党政领导干部交流工作的实施意见》，对选拔任用干部条件、资格作了明确规定，使领导干部“四化”程度有新的突破，全县选拔科级领导干部49人，班子结构得到进一步优化，党政正职的平均年龄由41.3岁下降到39.6岁，96%达到大专以上学历。
1998年10月，中共十五届三中全会召开。全会通过的《中共中央关于农业和农村工作若干重大问题的决定》，是指导全国人民建设具有中国特色社会主义新农村的行动纲领。中共石泉县委发出《关于认真传达贯彻中共十五届三中全会精神的通知》，集中时间组织广大党员、干部和群众认真学习全会的《决定》《公报》和《社论》，进一步提高做好农业和农村工作重要性的认识，使全县广大干部、群众充分认识到农业、农村和农民问题是关系改革开放和现代化建设全局的重大问题。
为推动以“讲学习、讲政治、讲正气”为主要内容的“三讲”学习教育活动深入开展，中共石泉县委和基层党组织成立了中心学习小组，坚持认真学习，不断提高各级党委班子的马列主义理论素养和领导、决策水平。1999年3月，中共石泉县委发出《关于印发县委中心学习组1999年理论学习安排意见》，继续深入学习邓小平理论，发挥示范带头作用，推动全县学习政治理论、提高政策水平的自觉性。2000年，中共石泉县委在深入抓好中共十五大与十五届三中、四中、五中全县精神学习中，按照中央和省、地委的统一安排部署，集中两个多月时间，在县委、人大、政府、政协领导班子和县纪委、政法委、检察院、法院、公安局领导班子及成员中开展了“三讲”教育，使县级领导班子和领导干部普遍受到了一次深刻的马克思主义教育，经历了一次政治生活的严格锻炼。年底，又集中一个月时间开展了“三讲”教育“回头看”活动，增强了领导班子和领导干部的政治意识、责任意识、大局意识，使思想、政治、作风、纪律明显进步。
1999年初，以“实事求是的思想路线、为人民服务的宗旨、党在农村的基本政策和民主法制”为主要内容的思想作风教育（简称“四教育”）活动全面开展，根据省、地委《关于在农村基层干部中进行“四教育”的通知》精神，县委成立“四教育”工作领导小组，制定了《实施办法》和具体的《安排意见》。全县抽调干部组成工作组，在12个乡镇166个村中开展“四教育”工作，通过教育和整改，乡镇、村干部的思想水平明显提高，党群干群关系进一步改善，群众反映强烈的热点、难点问题得到有效解决，班子凝聚力和战斗力显著增强，干部作风明显好转，有力地促进了农村社会稳定和经济的全面健康发展。
县委为加强基层组织建设，1999年初，调整了农村基层组织建设领导小组，落实了各级党委抓整建的目标责任制，制定了《石泉县1999—2001年农村基层组织建设和“三创”活动规划》《1999年农村基层组织建设工作安排意见》和《1999年农村基层组织建设“三创”活动安排意见》，全面启动了创建活动。经过努力实施，2001年底，3个乡镇和61个村达到了合格标准，9个乡镇达到“六个好”标准，151个村达到“五个好”标准，顺利完成省、地、县委提出的整建工作任务。
1999年7月下旬，中共石泉县委第十一届三次全委会议召开。会议主要是传达贯彻中、省经济工作会议和地委工作会议精神，专题研究全县抢抓西部大开发的历史机遇，加快特色工业发展的问题，认真讨论了加快全县工业经济发展的《决定》，组建了中共石泉县委工业经济工作委员会。会议提出了全县工业发展的指导思想、基本原则和目标任务。会后，为抓好落实，县委、县政府采取一系列措施，强力推进全县工业化进程，加强对特色工业发展的领导，确保了全县国民经济的健康发展。10月，中共十五届四中全会通过的《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》，县委组织各级党组织认真学习贯彻落实十五届四中全会精神，一手抓企业改制，一手抓生产经营，放开搞活国有企业，大力发展特色工业经济，开创全县国有企业改革和发展的新局面。
为适应建立社会主义市场经济体制的要求，按照中央和省、地委部署，1999年，全县进行了事业单位机构改革及人事制度改革，县直事业单位由原来85个减少到65个，全额拨款单位由原来62个减少到39个，精减全额拨款单位人员编制206名；同时，撤销单位4个，合并单位13个，转变经费供给形式16个，精简了机构，减少了财政供养人员。在人事制度改革中，共设置岗位1327个，通过竞争上岗，共聘任上岗人员1299名，增强了竞争意识，提高了工作效率，使全县事业单位人事管理体制更加规范。
2000年，中共石泉县委认真贯彻落实中共十五大和十五届五中全会及中央经济工作会议精神，以市场为导向，以发展为主题，制定了集中力量重点发展烤烟、魔芋、黄姜三项农村经济新兴主导产业，确保新发展烤烟、魔芋、黄姜重点村各100个，每个项目新发展面积各1万亩的“三业百村万亩工程”农村财源建设战略决策。为确保“三业百村万亩工程”的顺利实施，县委、县政府出台了《关于农村财源建设“三业百村万亩工程”实施意见》《烤烟生产奖惩办法》和《2000年烤烟、魔芋、黄姜生产计划》等一整套政策性文件。实行17名县级领导联系17个乡镇责任制和77个县直部门、驻石单位包抓77个财源建设重点村的责任制，明确县级领导分管和县直部门主抓“三业百村万亩工程”责任制。为进一步加快全县财源建设步伐，加大农村经济结构调整力度，推动农业产业化进程，实现富民、富县、富财政的目标提供了有力保障。
2000年12月，根据中央、省、市委的统一安排部署，中共石泉县委印发《石泉县农村“三个代表”重要思想学习教育工作实施方案》的通知，决定用两年左右时间，在县直部门、驻石单位、乡镇、村和部门驻石单位中分期分批开展农村“三个代表”重要思想学习教育工作。县委组建督查组，抓好检查指导工作，促进学习教育活动扎实有效的开展。2001年，全县以整风精神深入开展“三个代表”重要思想学习教育活动，第一批历时6个月，在全县17个乡镇，77个县直部门和驻石单位及所属136个站所干部中全面铺开。2002年，县委在两河、曾溪、熨斗3个乡镇57个村开展了第二批农村“三个代表”重要思想学习教育活动。抽调215名干部组成了3个驻乡镇“学教”工作指导队，3个督查组和57个驻村指导组，建立了5名县级领导干部联系点和13个部门联系村。11下旬，学教活动结束，县委召开了全县“三个代表”重要思想学习教育活动总结表彰大会。通过学教活动，解决了党员干部思想认识方面的深层次问题以及工作作风和班子建设等突出问题，进一步建立健全了各项管理制度，规范了工作运转程序，增强了工作透明度，赢得了广大干部群众的好评。
2002年8月，按照市委部署，中共石泉县委全面启动县级机构改革。召开了县乡机构改革动员大会，并下发《石泉县县乡机构改革方案》。9月下旬，县乡机构改革全面结束，全县县级党政机关机构设置31个工作部门，其中县委9个、政府22个，比机构改革前35个减少了4个，精减比例11.4%；行政编制原有362名，减少到286名，减少了76名，精减比例为21％；乡镇行政编制496名减少到362名，减少了134名，精减比例为27%；乡镇事业编制由350名减少到280名，减少了70名，精减比例为20%。改革后，新机构过渡平稳，人员调整有序，确保了各项工作的正常运行。
2003年1月，中共石泉县第十二次代表大会召开，大会听取、审议并通过了徐启方代表中共石泉县委第十一届委员会所作的题为《与时俱进，开拓创新，为加快全面建设小康社会而努力奋斗》的工作报告和模范先进代表中共石泉县纪律检查委员会所作的工作报告，并分别作出了相应的决议。大会上，县委立足石泉实际，认真总结历届县委的成功实践经验，提出了以建设汉江生态经济建设区、云雾山生态旅游开发区和高效农业示范带，民营经济发展带的“两区两带”发展战略，这一战略目标对全县经济发展作了较为科学的定位，反映了全县人民的根本利益和愿望。经过几年的精心组织实施，“两区两带”建设取得明显成效。高效农业示范带的实施发挥了辐射带动作用，转变了农民观念，打破了传统的耕作方式，提高了比较效益；民营经济发展带的建设，扩大了开放，优化了环境，加大了招商引资力度，以茧丝加工、医药化工、建筑材料为主的民营工业体系初具规模，民营经济总量占到全县工业总量的90%以上；云雾山生态旅游开发区基础设施条件得到极大改善，实现了创建国家级森林公园目标；汉江经济建设区通过喜河电站建设的带动作用，南区面貌焕然一新。
2003年12月，省委、省政府制定出台了《关于进一步深化国有集体企业改革的意见》，提出了一系列指导性和针对性很强的企业改革配套政策措施。为切实做好全县国有集体企业的改革工作，县委召开了全县国有集体企业改革工作动员大会。会议提出：一是要充分发挥党组织的政治核心作用；二是充分调动企业经营管理者的积极性；三是加强督促指导；四是加强社会保障体系建设。至2006年底，国有企业改革基本完成。县属国有骨干企业之一的水泥厂顺利实现产权出让，新组建的陕西银屏水泥有限责任公司投入正常的生产运营，食品加工厂等25户企业完成改制任务，实现解债1.9亿元，安置职工2100多人；供销、粮食系统改制基本结束。
2004年6月，为认真贯彻落实《中共中央国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见》文件和中、省、市农村工作会议精神，中共石泉县委、县人民政府印发《关于加强农业和农村工作的意见》。指出，当前和今后一个时期，全县农业和农村工作要以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，以增加农民收入为中心，统筹城乡经济社会发展，坚持“多予、少取、放活”的方针，深入推进“两区两带”建设，大力推进农业和农村经济结构调整，不断深化农村改革，着力在“优粮、强桑、壮牧、稳姜、扩菜”上下功夫，逐步实现种养加、产供销、农工贸一体的产业化经营格局，加强党对促进农民增收工作的领导，加强农村基层组织建设和精神文明建设，努力实现农民增收，确保农村稳定，为今后一个时期全县农村工作的开展提供了切实可行的计划和翔实的行动指南。
从2005年1月开始，按照中央和省、市委的统一安排部署，县委分三批在全县各级党组织和全体党员中全面开展保持共产党员先进性教育活动（以下简称“先进性教育活动”），历时一年半时间。第一批先进性教育共涉及63个县直部门和驻石单位中的106个党支部、1082名党员；第二批先进性教育涉及66个参学单位，192个党支部、2317名党员；第三批先进性教育共涉及3个县直部门和15个乡镇的202个村，共207个党支部，4518名党员（其中农村党员4452名）。通过一年半时间的先进性教育活动，全县各级党组织和全体党员紧紧围绕4607个问题进行了集中整改，4552个问题得到有效解决。同时，全县各级党组织围绕在工作实践中创造出的好做法和成功经验，初步形成了一套“党员长期受教育、群众长期得实惠”的长效机制。针对无职党员如何发挥先进性的问题，积极探索创新工作经验，在全县农村、社区无职党员中开展“设岗定责”活动和在全县各级党组织和广大党员中开展“双承诺”活动，在全县机关开展了效能建设，全面推行党员亮牌上岗，限时办结、首问负责、马上就办等工作制度。全县334个教育活动单位共建立健全各项制度1536项，12918条，完善各项规章制度2438个，初步形成了一套切合实际、科学实用的长效机制。
2006年6月，按照中央、省、市委关于做好县、乡党委换届以及乡镇机构改革试点工作的总体安排部署和要求，县委认真做好了机构改革和换届前各项工作。乡镇党委机构改革及换届后，15个乡镇由137个领导职数减少为90个，减少了34％，精简副书记职数15名。党政领导交叉任职明显扩大，换届后15个乡镇共87名干部实行交叉任职，党政领导交叉任职比例达96％。15个乡镇的事业单位均统一设置4个站所，即农业综合服务站、社会保障服务站、文化综合服务站、人口与计划生育服务站。事业机构由机构改革前的80个减少到60个，精减比例为25%。全县乡镇编制总数657名，其中机关行政编制维持改革前的362名不变（不含2007年末增加的6名乡镇周转编制），事业编制295名，比机构改革前减少了91名，精减比例为23.5%。班子成员的年龄结构明显降低，全县乡镇党委领导班子成员平均年龄为35.75岁，平均下降2.24岁。40岁以下干部69名，占乡镇领导成员总数的76.7％，其中，党政正职中30岁左右的干部10名。班子成员的文化程度明显提高，换届后大专以上学历的占到75.6％，妇女所占比例以及具有专业技术职称人员比例都得到明显提高。
2006年10月，中国共产党石泉县第十三次代表大会召开，大会听取和审议了明平英代表中共石泉县第十二届委员会所作的题为《开拓奋进，科学发展，为建设和谐繁荣富有特色的新石泉而奋斗》的工作报告和陈先林代表中共石泉县纪律检查委员会所作的题为《全面推进党风廉政建设和反腐败斗争，为建设和谐繁荣富有特色的新石泉提供坚强政治保证》的工作报告，并分别作出了相应决议。大会确定今后五年全县大力实施“三大任务，三大跨越”（打造大产业，实现经济结构调整新跨越；改善大环境，实行对外开放新跨越；构建大和谐，实现社会进步新跨越）的发展战略，为进一步加快改革开放和经济社会发展，努力建设和谐繁荣、富有特色的新石泉提供了行动指南。
2006年8月，县委印发《关于认真学习江泽民文选》的通知，通知要求：要把《江泽民文选》一至三卷作为一个整体来把握，花大力气研读原著，做到真学、常学、深学，勤于思考，善于运用，真正学通弄懂；要按照中央《决定》和省、市委《通知》的要求，在“九个深刻领会”上下功夫。各级党组织把学习《江泽民文选》和胡锦涛重要讲话作为一项重要政治任务，以自学为主，一年内把《江泽民文选》一至三卷通读，在此基础上转入专题学习，并组织了学习交流会，把学习《江泽民文选》纳入领导干部培训计划，党校、行政学院等干部培训学校的作用，举办了各种形式的研讨班、培训班、学习班，推动党员干部学习的深入开展。
2007年上半年，为进一步强化理论武装，提高干部思想政治素养。县委继续坚持党委（党组）中心组学习制度，健全党委（党组）中心组学习考核办法，把科学发展观、构建和谐社会、建设社会主义新农村、树立社会主义荣辱观、加强党的先进性和执政能力建设等重大战略思想以及省十一次党代会、市二次党代会、县十三次党代会、中央一号文件作为干部教育培训的主要内容，有计划、有步骤地组织各级领导干部开展理论学习。充分发挥了领导干部模范带头作用，切实提高了各级领导干部马克思主义理论水平、领导科学发展和构建社会主义和谐社会的能力。
这一时期，中共石泉县委把干部作风建设作为党建工作重要内容来抓，取得了明显成效。根据地委、行署《关于增强群众观点，改进干部作风的通知》精神，县委、县政府制定了《关于加强和改进干部作风的决定》，要求全县各级干部要正确认识当前干部作风建设的基本形势，努力建设具有时代特色的新时期干部作风，大力弘扬理论联系实际的思想作风，牢固树立全心全意为人民服务的宗旨，切实加强党和政府同人民群众的血肉联系。全县认真开展了干部作风集中教育整顿工作。在机关干部中重点解决纪律松散，服务态度差、办事效率低等问题；在基层干部中，重点解决作风漂浮，工作方法简单粗暴、群众观点淡薄的问题。在教育整顿期间，全县有近20名干部受到党纪政纪处理，有40多名干部受到经济处罚，广大干部普遍受到了一次全面、深刻、系统的优良传统作风教育，思想认识水平有了提高，工作责任心、组织纪律、公仆意识有所增强，有效地解决了干部作风纪律方面的突出问题，促进了全县干部作风建设。结合全县经济社会发展的现实需要以及干部队伍的现状，县委和县政府发出《关于在全县机关干部中开展思想作风整顿的通知》。《通知》对开展作风整顿工作的指导思想、解决突出问题、基本内容和加强对思想作风整顿的组织领导作了具体的要求。通过集中开展思想作风整顿活动，全县机关干部精神面貌、工作作风、工作效率发生了明显变化，增强了政治意识、大局意识、宗旨意识、服务意识和组织纪律观念，提高了思想政治素质，加强了工作责任心和主动性，基本达到了预期目的。
按照中、省、市纪委全会精神，全县各级领导干部认真学习中央关于廉洁自律各项规定和《廉政准则》，结合“三讲”、“警示教育”活动，在全县各级领导干部中开展了以“讲学习、讲政治、讲正气”为主要内容的“三讲”教育活动，利用胡长青、成克杰等重大典型案例在全县党员干部中开展警示教育，认真贯彻制止奢侈浪费八项规定，采取得力措施清理领导干部超范围、超标准擅自购置移动电话、报销话费和多处集资建房问题，对科级干部接收现金、有价证券和支付凭证进行了集中清理，在全县各级干部中开展争创“廉政班子、廉政单位、廉政干部”的三廉政活动，制定下发了《领导干部廉洁自律十不准规定》，建立了“任前廉政谈话、纪委主要领导同下级党政主要负责人谈话、诫勉谈话、提醒谈话”等四项谈话制度及年终述职述廉制度，认真推行“家庭廉洁承诺制”和廉洁自律提醒教育，使全县各级党员领导干部廉洁自律意识不断增强。在加强党风廉政建设中，县委成立和充实了党风廉政建设责任制工作领导小组，结合工作实际，每年制定下发《党风廉政责任制工作安排意见》，把全县党风廉政建设和反腐败工作与经济工作、业务工作一起部署、一起检查、一起考核。全县各级层层签订了党风廉政建设责任书，形成一级抓一级，人人有责任的工作机制。同时，县委始终把案件查处工作作为反腐败工作的重中之重，建立了一系列办案有效机制，实行领导包案、督促检查、案件通报等制度，强化领导责任，加大查办案件工作力度。在纠风专项治理工作中，县委始终坚持标本兼治、纠建并举的方针和“谁主管，谁负责”的原则，突出抓好减轻农民负担和企业负担、治理中小学乱收费、投资环境整治及行风评议等工作，针对群众反映强烈的不正之风认真进行整治和纠正，一些部门和行业风气明显好转。有效地遏制了各种违规违纪问题的发生，推动了全县党风廉政建设和反腐败工作任务的完成。
1998年6月至2007年5月，在中共石泉县委的领导下，各级党委、政府带领全县人民，坚持以经济建设为中心，通过全面加强党的建设，深化改革开放，切实加强精神文明建设和物质文明建设，使全县经济社会发展迈上了新的台阶。至2006年底，全县国内生产总值达到10.3亿元，人均GDP达5659元；农民人均纯收入达到1800元。经济结构趋于科学合理，农业以蚕桑、畜牧为主的产业化建设步伐加快，以示范农业和观光农业为重点的高效农业示范带建设开局良好；工业以建材、化工、绢丝纺织、医药保健等支柱产业不断壮大；第三产业有了较快发展，第一、二、三产业的比例更趋合理。非公有制经济得到较快发展，成为国民经济中的重要增长点，同时，完成一大批重点建设项目，基础设施和城镇建设有了明显改观。经过扶贫攻坚、迁移式扶贫、小康村建设，全县农村贫困人口大量减少，城乡人民生活水平显著改善。
至2007年5月，中共石泉县委设有工作部门6个，派出机构1个，议事协调机构常设的办事机构1个，直属机构2个，挂靠及部门管理机构13个；在县级政权、地方军事、政协、群团系统设立党组20个，党委12个、党总支部1个、党支部5个；下设7个乡党委，8个镇党委。全县有党委29个、党组26个、党支部468个；有党员8491名，干部4991名。